İyerarxik hesablama əsaslı fitokimyəvi prioritetləşdirmə, çoxsaylı təbii birləşmələri yalnız bir docking skoruna görə sıralamaq əvəzinə statistika, molekulyar dokinq, bağlanma enerjisinin qiymətləndirilməsi, farmakokinetika və toksiklik proqnozları, reseptor elastikliyi, molekulyar dinamika və kvant-kimyəvi deskriptorlar kimi bir-birini tamamlayan hesablama filtrləri ilə mərhələli şəkildə daraldan namizəd seçmə yanaşmasıdır. Bu tədqiqat Uvaria chamae bitkisindən əvvəllər struktur baxımından xarakterizə edilmiş 105 fitokimyəvi maddəni Ebola virusu qlikoprotein sistemi GP1-GP2 və SARS-CoV-2 papainəbənzər proteazı PLpro qarşısında qiymətləndirmiş; Proanthocyanidin-i Ebola hədəfi, Uvangoletin-i isə PLpro üçün sonrakı eksperimental araşdırmaya keçirilə biləcək hesablama namizədləri kimi prioritetləşdirmişdir. Tədqiqat hüceyrə, heyvan və ya insan üzərində antiviral effektivlik göstərməmişdir.

Başlanğıc məlumat dəsti 106 Uvaria chamae metabolitindən ibarət olmuşdur. Lakin joolanin adlı birləşmənin kimyəvi quruluşu mövcud ədəbiyyatdakı ziddiyyətli struktur təsvirlərinə görə dəqiq təyin edilə bilmədiyindən tədqiqatdan çıxarılmış və hesablamalar struktur baxımından xarakterizə edilmiş 105 birləşmə üzərində aparılmışdır. Bu birləşmələr kök, gövdə, yarpaq və toxumlardan bildirilmiş flavonoidləri, asetogeninləri, fenol birləşmələrini, alkaloidləri, sterolları, terpenləri, uçucu yağ komponentlərini və digər fitokimyəvi sinifləri əhatə edir.

Ebola virusu üçün PDB ID 5F1B istifadə edilmişdir. Bu struktur emal olunmuş Ebola qlikoproteininin endozomal reseptor Niemann–Pick C1 (NPC1) ilə qarşılıqlı təsirini təmsil etdiyindən, virusun membran füziyasından əvvəlki giriş mərhələsini araşdırmaq üçün seçilmişdir. SARS-CoV-2 üçün PDB ID 7CMD-dəki papainəbənzər proteaz PLpro istifadə edilmişdir. PLpro həm viral poliproteinlərin emalında, həm də deubiquitination və deISGylation fəaliyyətləri vasitəsilə sahibin anadangəlmə immunitetinin basdırılmasında rol oynayan viral fermentdir. 7CMD strukturunda qeyri-kovalent inhibitor GRL0617 olduğuna görə docking və dinamik müqayisələr üçün eksperimental olaraq müəyyən edilmiş istinad bağlanma sahəsi təmin edir.

Statistik analizdə bitki orqanı ümumi docking performansının güclü müəyyənedicisi kimi ortaya çıxmamışdır. Ebola hədəfi 5F1B üçün orqanlar arasında əhəmiyyətli fərq tapılmamış; 7CMD üçün Kruskal–Wallis testi ümumilikdə \(p=0.0316\) versə də, Dunn çoxsaylı müqayisə düzəlişindən sonra heç bir orqan cütü əhəmiyyətli qalmamışdır. Bunun əksinə, fitokimyəvi sinfin təsiri daha aydın olmuşdur: flavonoidlər hər iki hədəfdə ən aşağı, yəni ən əlverişli orta sıralara malik olmuş və flavonoidlər ilə asetogeninlər arasındakı fərq 5F1B üçün \(p=0.0002\), 7CMD üçün \(p=0.0018\) tapılmışdır.

Bununla belə, tədqiqat “kök və gövdə digər orqanlardan antiviral baxımdan üstündür” nəticəsinə gəlmir. Ən yüksək sıralanan fərdi namizədlərin mühüm hissəsi kök və gövdədən bildirilmişdir; lakin orqan səviyyəsindəki paylanmalar statistik baxımdan kifayət qədər ayrılmamışdır. Bundan əlavə, bəzi metabolitlər birdən çox bitki orqanında olduğundan eyni birləşmənin bir neçə qrupa töhfə verə bilməsi qrupların müstəqilliyi fərziyyəsini məhdudlaşdırır.

Ebola GP hədəfində Proanthocyanidin, GP1 zəncirindəki ilkin docking analizində −6,17 kcal/mol XP skoru və −45,66 kcal/mol Prime MM-GBSA qiyməti ilə güclü profil göstərmişdir. Lakin Proanthocyanidin bütün Ebola namizədləri arasında təkbaşına “ən mənfi enerjiyə malik molekul” deyil. Məsələn, Squamocin GP2 zəncirində −54,86 kcal/mol, Neoannonin isə tam GP1-GP2 analizində −58,35 kcal/mol Prime MM-GBSA qiyməti göstərmişdir. Proanthocyanidin-in final mərhələyə seçilməsinin səbəbi tam kompleks və ayrıca GP1 və GP2 analizlərində daha ardıcıl profil göstərməsi, reseptor elastikliyi analizinə keçirilə bilməsi və molekulyar dinamika zamanı sabit bağlanma pozasını qorumasıdır.

SARS-CoV-2 PLpro üçün Uvangoletin-in ilkin XP docking skoru −6,20 kcal/mol, Prime MM-GBSA təxmini −41,69 kcal/mol-dur. Induced-fit docking-dən sonra docking skoru −9,43 kcal/mol-a yaxşılaşmışdır. Diuvaretin-in IFD skoru daha aşağı, yəni daha əlverişli −11,57 kcal/mol olsa da, Uvangoletin docking, bağlanma enerjisi, ADMET, medicinal-chemistry xüsusiyyətləri və kritik PLpro qalıqları ilə davamlı qarşılıqlı təsirlərin ümumi tarazlığına görə molekulyar dinamika üçün seçilmişdir.

100 ns molekulyar dinamika simulyasiyaları Proanthocyanidin-i Ebola GP1-GP2 üzərində Toremifene ilə, Uvangoletin-i isə PLpro üzərində GRL0617 ilə eyni reseptor şəraitində müqayisə etmişdir. Protein onurğası RMSD-ləri dörd əsas sistemdə sürətlə platoya çatmış və böyük struktur sürüşməsi müşahidə edilməmişdir. Bununla belə, trayektoriya əsaslı MM-GBSA istinad inhibitorlarının hər iki hədəfdə daha əlverişli enerji təxminləri verdiyini göstərmişdir: Toremifene −49,7 ± 0,3 kcal/mol olduğu halda Proanthocyanidin −37,2 ± 0,3 kcal/mol; GRL0617 −33,7 ± 0,2 kcal/mol olduğu halda Uvangoletin −26,8 ± 0,2 kcal/mol-dur. Buna görə namizədlərin prioritetləşdirilməsi “istinad inhibitordan daha güclü bağlanırlar” iddiasına əsaslanmır.

Konseptual sıxlıq funksionalı nəzəriyyəsi (DFT) analizində Proanthocyanidin üçün HOMO-LUMO boşluğu 5,37 eV, Uvangoletin üçün 4,81 eV hesablanmışdır. Mənbə bu qiymətləri daha aşağı frontier-orbital reaktivliyi və nisbətən yüksək daxili elektron sabitliyi ilə əlaqələndirir. Lakin DFT deskriptorları izolyasiya olunmuş ligandın məhluldakı elektron xüsusiyyətlərini təmsil edir; protein-ligand bağlanma affinliyini ölçmür və MM-GBSA-nın yerinə istifadə edilə bilməz.

Tədqiqatın əsas nəticəsi antiviral dərmanın kəşfinin tamamlanması deyil, böyük və kimyəvi baxımdan heterogen təbii məhsul kitabxanasının eksperimental sınaqlara keçməzdən əvvəl üç səviyyədə — bitki orqanı, fitokimyəvi sinif və fərdi metabolit — sistematik şəkildə prioritetləşdirilə biləcəyinin göstərilməsidir. Buna görə Proanthocyanidin və Uvangoletin “təsdiqlənmiş antiviral agentlər” deyil, eksperimental təsdiqə aparılması təklif olunan hesablama namizədləridir.

Bu tədqiqat niyə antiviral dərman effektivliyi tədqiqatı deyil, namizəd prioritetləşdirmə tədqiqatıdır?

Çünki tədqiqatda Ebola və ya SARS-CoV-2 ilə yoluxmuş hüceyrələrdə antiviral effektivlik, viral yük, IC50/EC50, sitotoksiklik, heyvan müalicəsi və ya klinik nəticə ölçülməmişdir; tədqiqatçılar 105 təbii məhsulu hesablama modelləri ilə eksperimental sınaq üçün daraltmış və öz nəticələrində Proanthocyanidin ilə Uvangoletin-i “prioritized computational candidates” kimi müəyyən etmişlər.

105 birləşməyə necə çatıldı?

Tədqiqatın kimyəvi məlumat dəsti müəllif qrupunun əvvəllər dərc etdiyi geniş Uvaria chamae fitokimya məlumat dəstindən götürülmüşdür. Bu məlumat dəsti PubMed, Scopus, ScienceDirect və Google Scholar axtarışlarından toplanmış və yalnız Uvaria chamae-dən izolə edilməsi və ya etibarlı struktur xarakterizasiyası bildirilmiş birləşmələr saxlanmışdır.

Başlanğıcda:

\[ N_{\mathrm{başlangıç}}=106 \]

fitokimyəvi maddə var idi. Joolanin-in quruluşu ədəbiyyatda ardıcıl şəkildə müəyyən edilə bilmədiyinə görə:

\[ N_{\mathrm{analiz}}=105 \]

fitokimyəvi maddə hesablamaya daxil edilmişdir.

Bu 105 rəqəmi yeni laboratoriya ekstraksiyasının nəticəsi deyil; əvvəlki fitokimyəvi ədəbiyyatda strukturu xarakterizə edilmiş molekulların hesablama kitabxanasıdır.

Ligandlar necə hazırlandı?

Üçölçülü ligand strukturları mümkün olduqda PubChem-dən götürülmüş və Schrödinger Suite v2025-1 daxilində LigPrep ilə hazırlanmışdır. Hazırlıq mərhələsi enerji minimallaşdırılmasını, stereokimyanın yoxlanmasını, fizioloji şəraiti təmsil etmək üçün pH 7,4 ± 2,0 intervalında ionlaşma vəziyyətlərinin yaradılmasını və OPLS4 qüvvə sahəsi ilə həndəsə optimallaşdırılmasını əhatə etmişdir.

Bu proses vacibdir; çünki docking alqoritmi molekulun yalnız ikiölçülü kimyəvi formulundan deyil, müəyyən protonlaşma, stereokimya və üçölçülü konformasiya vəziyyətindən istifadə edir. Buna görə ligand hazırlığı sonrakı enerji skorlarına birbaşa təsir edən metodoloji mərhələdir.

Ebola GP1-GP2 və SARS-CoV-2 PLpro niyə iki fərqli hədəf kimi seçildi?

İki hədəf viral həyat dövrünün fərqli mərhələlərini təmsil edir: 5F1B Ebola qlikoproteininin NPC1 ilə əlaqəli endozomal giriş və füziya mərhələsini, 7CMD-dəki PLpro isə SARS-CoV-2-nin viral protein emalı və immun qaçış mexanizmlərinə qarşı hesablama bağlanma namizədlərini qiymətləndirmək üçün seçilmişdir.

Ebola hədəfi: PDB 5F1B

5F1B, primed Ebola virusu qlikoproteininin endozomal Niemann-Pick C1 reseptoru ilə qarşılıqlı təsir etdiyi struktur konteksti təmsil edir. Bu qarşılıqlı təsir membran füziyasından və viral genomun hüceyrəyə buraxılmasından əvvəl baş verən kritik mərhələdir.

5F1B strukturunda docking-in yoxlanması üçün uyğun birgə kristallaşmış kiçik molekul olmadığına görə tədqiqatçılar bağlanma cibini SiteMap ilə proqnozlaşdırmışdır. Ən yüksək sıralanan cibdən yaradılmış grid mərkəz koordinatları:

Eyni grid koordinatları müqayisə edilə bilməsi üçün əlaqəli 5F1B struktur analizlərində qorunmuşdur.

SARS-CoV-2 hədəfi: PLpro, PDB 7CMD

7CMD kristal strukturunda qeyri-kovalent inhibitor GRL0617 olduğuna görə docking grid-i birbaşa bu ligandın bağlanma sahəsinə mərkəzləşdirilmişdir:

\[ X=-34.22,\qquad Y=-11.63,\qquad Z=-30.06 \]

Docking protokolunun öz kristal strukturunu yenidən yaradıb-yarada bilmədiyini yoxlamaq üçün co-crystallized ligand yenidən dock edilmişdir. Kristal poza ilə proqnozlaşdırılan poza arasındakı RMSD:

\[ \mathrm{RMSD}=0.24~\text{\AA} \]

tapılmışdır. Tədqiqat bu kiçik fərqi 7CMD docking protokolunun bağlanma pozasını yenidən yarada bildiyinə dair yoxlama kimi istifadə edir.

Docking, MM-GBSA, IFD, ADMET, molekulyar dinamika və DFT bir-birindən hansı fərqli məlumatları verir?

Docking mümkün bağlanma pozasını və ilkin skoru, Prime MM-GBSA statik kompleksin enerji təxminini, ADMET inkişaf etdirilə bilmə və farmakokinetik proqnozları, induced-fit docking lokal reseptor elastikliyini, molekulyar dinamika bağlanma pozasının zaman ərzində davranışını, trayektoriya MM-GBSA eyni reseptordakı namizəd–istinad enerji müqayisəsini, DFT isə izolyasiya olunmuş ligandın elektron reaktivlik xüsusiyyətlərini qiymətləndirir; bu ölçmələr bir-birini əvəz etmir.

1. Statistik filtrləmə nə etdi?

XP docking skorları əvvəlcə birləşmələrin əldə edildiyi bitki orqanına və fitokimyəvi sinfə görə qruplaşdırılmışdır. Məlumatların hamısı normal paylanmaya uyğun olmadığı üçün Shapiro-Wilk normallıq yoxlamasından sonra qeyri-parametrik Kruskal-Wallis testi və əhəmiyyətlilik tapıldıqda Dunn çoxsaylı müqayisə testi istifadə edilmişdir.

Statistik əhəmiyyətlilik həddi:

\[ p<0.05 \]

kimi müəyyən edilmişdir.

Daha aşağı orta sıra ümumiyyətlə daha əlverişli docking skorlarına uyğun gəlir. Buna baxmayaraq orqan nəticələrinin şərhi məhduddur. Bəzi metabolitlər birdən çox orqanda bildirildiyindən eyni molekul bir neçə qrupa daxil ola bilər; bu da qrupların tam statistik müstəqilliyini məhdudlaşdırır.

Fitokimyəvi sinif nəticələri

Flavonoidlərin orta sırası 5F1B üçün 20,82, 7CMD üçün 13,09-dur. Mənbə flavonoid skeletindəki aromatik sistem və çoxsaylı hidroksil qruplarının hidrogen rabitələri, π-qarşılıqlı təsirləri və hidrofob təmaslar üçün əlverişli ola biləcəyini müzakirə edir. Lakin müəlliflər docking scoring functions-ın polihidroksilləşmiş aromatik strukturlara sistemli üstünlük verə biləcəyini də məhdudiyyət kimi qeyd edirlər. Buna görə sinif fərqi real antiviral effektivliyin eksperimental sübutu deyil.

2. Glide XP docking nəyi ölçür?

Docking ligandın hədəf proteinin seçilmiş bağlanma cibində hansı həndəsi pozaları ala biləcəyini və bu pozaların istifadə olunan scoring function altında nə dərəcədə əlverişli olduğunu təxmin edir. Daha mənfi XP docking skoru istifadə olunan modeldə daha əlverişli təxmini qarşılıqlı təsiri təmsil edir; lakin docking skoru eksperimental bağlanma sabiti deyil.

3. Prime MM-GBSA niyə docking-dən sonra istifadə edildi?

Docking-in sadələşdirilmiş scoring function-ına əlavə olaraq Prime MM-GBSA, OPLS4 qüvvə sahəsi və VSGB 2.0 implicit-solvation modeli ilə protein-ligand komplekslərinin enerji təxminini yenidən qiymətləndirmişdir. Bu mərhələ docking skoru yaxşı görünən, lakin daha ətraflı enerji hesabında zəifləyən namizədləri ayırmağa kömək edir.

Cədvəl açıq şəkildə göstərir ki, “ən mənfi MM-GBSA qiyməti = final namizəd” şəklində birpilləli seçim aparılmamışdır. Neoannonin və O,O-Dimethylcoclaurine müəyyən enerji meyarlarında daha əlverişli görünsə də, final MD namizədləri bütün filtrlərin ümumi ardıcıllığına əsasən seçilmişdir.

4. ADMET proqnozu nəyi qiymətləndirir?

ADMET absorption, distribution, metabolism, excretion və toxicity sözlərinin baş hərflərindən ibarətdir. Tədqiqatda ADMETlab 3.0-ın dərin çoxvəzifəli DMPNN modeli istifadə edilərək altı prioritet namizədin keçiriciliyi, plazma zülalına bağlanması, paylanması, qan-beyin baryeri, CYP qarşılıqlı təsirləri, klirensi, yarımparçalanma müddəti və müxtəlif toksiklik endpoint-ləri hesablama yolu ilə proqnozlaşdırılmışdır.

Mənbənin nəticələrinə görə flavonoidlər ümumiyyətlə yüksək plasma-protein binding və məhdud blood-brain-barrier penetration proqnozu göstərmişdir. Neoannonin ən yüksək predicted volume of distribution qiymətini, Proanthocyanidin isə ən aşağı membrane permeability-ni göstərmişdir. Bir neçə namizəd üçün cytochrome P450 qarşılıqlı təsirləri proqnozlaşdırılmışdır.

Müəlliflər altı namizədin heç birinin bu hesablama mərhələsində birbaşa kənarlaşdırılmasını tələb edən “prohibitive toxicity profile” göstərmədiyini bildirirlər. Bu ifadə altı birləşmənin toksik olmadığının və ya təhlükəsiz olduğunun eksperimental olaraq göstərilməsi demək deyil. ADMETlab nəticələri model proqnozlarıdır; mənbə Cədvəl 5-də bir çox təsnifat endpoint-i yalnız model ehtimalı kimi verilir.

Medicinal-chemistry profilləri

Mənbə xüsusilə Proanthocyanidin-in yüksək molekul çəkisi, yüksək polar səth sahəsi, çoxsaylı hidrogen rabitəsi donor/akseptor qrupları və aşağı predicted permeability səbəbindən birbaşa oral inkişaf etdirilə bilmə baxımından məhdud olduğunu müzakirə edir. Buna görə molekulu birbaşa “dərman namizədi” adlandırmaq əvəzinə bioloji aktiv skelet, mexanistik prob və ya farmasevtik optimallaşdırma tələb edən namizəd kimi şərh etmək daha uyğundur.

5. Induced-fit docking nə əlavə etdi?

Standart docking əsasən reseptorun nisbətən sabit strukturundan istifadə etdiyi halda induced-fit docking ligandın yanında bağlanma cibindəki yaxın protein yan zəncirlərinin də yenidən düzülməsinə imkan verir. Beləliklə ligandın lokal protein elastikliyi şəraitində cibə uyğunlaşıb-uyğunlaşmadığı yenidən qiymətləndirilir.

Proanthocyanidin IFD-dən sonra GLU71, ASN69, GLU103, TRP104, ARG136 və GLU106 kimi qalıqları əhatə edən səkkiz hidrogen rabitəsindən ibarət sıx şəbəkə qurmuşdur. Uvangoletin isə LEU162, TYR264, GLY163 və GLN269 ilə dörd hidrogen rabitəsi göstərmişdir.

5F1B IFD məhdudiyyəti: Mənbə IFD protokolunu tam multichain GP1-GP2 kompleksinə tətbiq edə bilmədiyini açıq şəkildə bildirir. Neoannonin və Chametin/Chamanetin xüsusilə iki zəncir arasındakı interface sahəsindən seçildiyinə görə bu ligandları tək izolyasiya olunmuş zəncirə daşımaq bağlanma mühitini dəyişdirəcəkdi. Proanthocyanidin isə tam kompleks və ayrı zəncir analizlərində daha ardıcıl davrandığına görə reseptor elastikliyi araşdırmasına keçirilmişdir.

Mənbədaxili Cədvəl 7 işarə fərqi: Uvangoletin üçün Cədvəl 7-nin \(\Delta G_{\rm IFD}\) xanasında \(+41.69\) yazılmışdır. Bunun əksinə, xülasə, Cədvəl 4 və müvafiq nəticə mətni Prime MM-GBSA qiymətini \(-41.69~\mathrm{kcal/mol}\) kimi verir. Verianla bu iki qeydi səssiz şəkildə vahid düzəlişə çevirmir.

100 ns molekulyar dinamika simulyasiyası nəyi göstərir və nəyi göstərmir?

Bu tədqiqatdakı 100 ns molekulyar dinamika hesablama ilə əldə edilmiş bağlanma pozalarının explicit-water mühitində zaman ərzində struktur baxımından qorunub-qorunmadığını və namizədlərin eyni reseptordakı istinad inhibitorları ilə müqayisədə necə davrandığını göstərir; antiviral effektivliyi, bioloji əlçatanlığı və ya müalicə uğurunu birbaşa göstərmir.

Molekulyar dinamika sistemi necə quruldu?

Beş solvated sistem simulyasiya edilmişdir. Əsas müqayisələr dörd kompleksdir: Uvangoletin–PLpro, GRL0617–PLpro, Proanthocyanidin–GP1-GP2 və Toremifene–GP1-GP2. Beşinci sistem Proanthocyanidin-in izolyasiya olunmuş GP1 alt vahidinə bağlandığı nəzarət sistemidir və təfərrüatlar Supplementary Material-də bildirilmişdir.

RMSD nədir?

Root mean square deviation (RMSD) simulyasiya ərzində atom qrupunun istinad strukturuna görə orta fəza sapmasını izləyir. Protein-backbone RMSD-nin müəyyən sahəyə çatıb nəzarətsiz şəkildə artmaması strukturun böyük miqyasda sürüşmədiyini qiymətləndirmək üçün istifadə olunur. Bu tədqiqat bütün dörd əsas kompleksin ilk təxminən 10 ns ərzində plato sahəsinə keçdiyini bildirir.

Uvangoletin ligand RMSD-si niyə yenidən hesablandı?

Mənbə automated ligand-RMSD analizində Uvangoletin-in periodik sərhəd şəraitində qonşu simulation box-a görüntülənməsi səbəbindən ilk kadrdan etibarən süni şəkildə yüksək və demək olar sabit RMSD yarandığını müəyyən etmişdir. Tədqiqatçılar trayektoriya snapshot-larından proteini və ligandı yenidən bütövləşdirmiş, hər kadrı protein backbone-u üzrə Kabsch fit ilə ilk kadra hizalamış və ligand heavy-atom RMSD-sini yenidən hesablamışdır.

Düzəldilmiş Uvangoletin ligand RMSD-si:

\[ 0.278\pm0.111~\mathrm{nm} \]

kimi əldə edilmişdir. GRL0617 üçün:

\[ 0.176\pm0.066~\mathrm{nm} \]

tapılmışdır.

Uvangoletin təxminən 45–65 ns arasında daha hərəkətli olmuş, 64 ns-də təxminən 0,58 nm maksimuma çatmışdır. Lakin bu hərəkət ligandın cibdən ayrılması kimi şərh edilməmişdir; GLN269 hidrogen rabitəsi analiz edilən kadrların yüzdə 92-sində qorunmuşdur.

RMSF və radius of gyration nə göstərir?

RMSF ayrı-ayrı protein qalıqlarının zaman ərzində hərəkətliliyini qiymətləndirir. Mənbə dörd sistemdə orta RMSF-nin təxminən 0,11–0,15 nm intervalında olduğunu və bağlanma cibi qalıqlarının səthə açıq loop sahələrindən daha az dalğalandığını bildirir.

Radius of gyration protein atomlarının kütlə mərkəzinə görə paylanmasının kompaktlığını izləyir. Dörd kompleksin Rg qiymətlərinin simulyasiya boyu sabit qalması proteinlərin böyük miqyaslı açılma və ya çökmə göstərməməsi kimi şərh edilmişdir.

SASA nə idi?

Solvent-accessible surface area protein kompleksinin həllediciyə əlçatan səth sahəsini izləyir. Mənbə SASA-nın bütün sistemlərdə təxminən sabit qaldığını və ligand bağlanmasının proteinlərdə böyük səth açılması və ya struktur yenidən təşkil olunması yaratmadığını bildirir.

DSSP nəyi yoxladı?

DSSP analizi proteinlərin α-heliks, β-sheet və digər ikincili struktur elementlərinin trayektoriya boyu qorunub-qorunmadığını izləmişdir. Dörd sistemdə də α-heliks və β-sheet strukturları ümumiyyətlə qorunmuş; yalnız məhdud sayda loop sahəsində kiçik keçidlər müşahidə edilmişdir.

Trayektoriya MM-GBSA necə tətbiq edildi?

MM-GBSA hesablamaları production trayektoriyalarının son 20 ns-indən bərabər intervallarla seçilmiş:

\[ N=201 \]

kadr üzərində aparılmışdır.

İstifadə olunan əsas şərtlər:

• gmx_MMPBSA v1.6.4 və MMPBSA.py v16.0,
• OBC2 Generalized Born modeli, \(igb=5\),
• mbondi2 intrinsic radii,
• 0,150 M implicit salt concentration,
• 298,15 K,
• nonpolar solvation üçün LCPO əsaslı solvent-accessible surface area.

Konfiqurasiya entropiyası hesablanmamışdır. Buna görə mənbə ümumi qiymətləri mütləq eksperimental bağlanma sərbəst enerjiləri kimi deyil, eyni reseptora bağlanan namizəd ilə istinadı nisbi müqayisə etmək üçün istifadə olunan entalpiya-ağırlıqlı effektiv MM-GBSA təxminləri kimi şərh edir.

Ebola cütündə Toremifene çox güclü əlverişli elektrostatik komponent:

\[ -142.9~\mathrm{kcal/mol} \]

göstərmiş, lakin bu üstünlük böyük əlverişsiz polar desolvation komponenti ilə:

\[ +150.9~\mathrm{kcal/mol} \]

əhəmiyyətli dərəcədə tarazlanmışdır. Proanthocyanidin-in elektrostatik töhfəsi −15,1 kcal/mol, polar desolvation cəzası +31,1 kcal/mol və van der Waals töhfəsi −46,6 kcal/mol kimi bildirilmişdir.

PLpro cütündə 6,9 kcal/mol-luq GRL0617–Uvangoletin fərqinin əsas mənbəyi van der Waals komponentidir:

\[ -38.0~\mathrm{kcal/mol} \quad\text{ve}\quad -30.7~\mathrm{kcal/mol}. \]

Elektrostatik töhfə Uvangoletin üçün bir qədər daha əlverişlidir:

\[ -20.6~\mathrm{kcal/mol} \]

və GRL0617 üçün:

\[ -16.1~\mathrm{kcal/mol}. \]

Davamlı protein-ligand qarşılıqlı təsirləri

Uvangoletin-in TYR264, TYR268, GLN269 və PRO247/248 ətrafında saxladığı qarşılıqlı təsirlər mənbədə GRL0617-nin bağlandığı BL2 alt cibinin məlum quruluşu ilə əlaqələndirilir. Tədqiqatçılar bu oxşarlığı mexanistik baxımdan mənalı struktur hipotezi kimi şərh edirlər. Lakin mənbə bunun ferment inhibisiyasının eksperimental sübutu olmadığını açıq bildirir.

Proanthocyanidin GP1-GP2 interface sahəsində Toremifene-dən fərqli kimyəvi strategiyadan istifadə etmişdir. Proanthocyanidin çoxsaylı hidrofob və hidrogen-rabitəsi təmaslarına yayılan şəbəkə göstərdiyi halda, Toremifene protonlaşmış üçüncülü amini vasitəsilə GP2 GLU523 ilə kadrların yüzdə 60-ında duz körpüsü qurmuşdur.

DCCM nəyi ölçür?

Dynamic cross-correlation matrix (DCCM) protein qalıqlarının hərəkətlərinin birlikdə eyni istiqamətdə, əks istiqamətdə və ya bir-birindən müstəqil baş verib-vermədiyini qiymətləndirir. Mənbə 3 × 3 Cartesian covariance bloklarını:

\[ \frac{C_{ij}} {\sqrt{C_{ii}C_{jj}}} \]

şəklində normallaşdırmışdır.

PLpro-da Uvangoletin ilə GRL0617 arasındakı kollektiv hərəkət fərqi kiçikdir: off-diagonal qalıq cütlərində mean absolute deviation 0,107, cütlərin yalnız yüzdə 2,4-ü isə 0,3-dən yuxarıdır.

Ebola GP1-GP2 sistemində namizəd–istinad dinamik fərqi daha böyükdür: mean absolute deviation 0,178; cütlərin yüzdə 18,7-si 0,3-dən, yüzdə 3,9-u 0,5-dən yuxarıdır. Fərqlər xüsusilə GP2 və GP1-GP2 interface ətrafında cəmlənmişdir. Mənbə bunu ikincili struktur itkisi kimi deyil, seqmentlər arasındakı dinamik coupling-in yenidən paylanması kimi şərh edir.

Sərbəst enerji mənzərəsi necə hesablandı?

Mənbə ilk iki backbone principal component üzərindəki probability density-dən sərbəst enerji mənzərəsini:

\[ \Delta G = -k_B T \ln \left( \frac{P}{P_{\max}} \right) \]

əlaqəsi ilə hesablamışdır.

Burada \(k_B\) Boltzmann sabiti, \(T=298.15\) K temperatur, \(P\) müəyyən PC1-PC2 sahəsindəki ehtimal sıxlığı, \(P_{\max}\) isə maksimum ehtimal sıxlığıdır. Ən aşağı \(\Delta G\) sahələri trayektoriyanın daha tez-tez nümunələdiyi aşağı sərbəst enerjili konformasiya hövzələrini təmsil edir.

2 kJ/mol contour-da PLpro–GRL0617 trayektoriyasının yüzdə 71-i, Uvangoletin trayektoriyasının yüzdə 50-si tək dominant hövzədə olmuşdur. Uvangoletin üçün ikinci minimum əsas minimumdan 3,12 kJ/mol yuxarıdır və yalnız ilk 23 ns-ə aid kadrlardan ibarətdir; mənbə bunu equilibration zamanı tərk edilmiş ilkin vəziyyət kimi şərh edir.

Ebola sistemində hər iki kompleks iki hövzə göstərmişdir. Toremifene-in ikinci hövzəsi qlobal minimumdan 1,35 kJ/mol yuxarıda və 16–42 ns arasında müşahidə edilmişdir. Proanthocyanidin-in iki hövzəsi cəmi 0,76 kJ/mol fərqlə demək olar eyni enerjili olmuş, keçid təxminən 51 ns ətrafında baş vermişdir. Proanthocyanidin ligand RMSD-sinin eyni vaxtda aşağı qalması proteinin ligandın tərk etmədiyi bağlanma pozası ətrafında yenidən təşkil olunduğu kimi şərh edilmişdir.

Mənbə bu sərbəst enerji mənzərələrinin entalpi komponentlərinə ayrılmasını aparmamışdır. Solvated simulation box potensial enerjisinin PC1/PC2 ilə demək olar əlaqəsi yoxdur:

\[ R^2=0.0004. \]

Buna görə mənbə belə parçalanmanın konformasiya sərbəst enerjisindən daha çox həlledici dalğalanmasını əks etdirəcəyini bildirir.

Residue-level MM-GBSA nə göstərdi?

Mənbənin xüsusilə vurğuladığı öyrədici məqam GLU100-dür: Toremifene–GLU100 təması kadrların yalnız yüzdə 16-sında görülsə də, residue-energy decomposition-da −6,24 kcal/mol ilə ən böyük töhfəni vermişdir. Bu hal qarşılıqlı təsirin nə qədər tez-tez görüldüyü ilə enerji töhfəsinin nə qədər böyük olduğu anlayışlarının eyni olmadığını göstərir.

Konseptual DFT niyə tədqiqatın son mərhələsindədir?

DFT analizi bağlanma skorlarını yenidən sıralamaq üçün deyil, final namizədlərin elektron strukturlarını və frontier-orbital reaktivliyini istinad inhibitorlarla müqayisə etmək üçün istifadə edilmişdir. Başlanğıc həndəsələri MD trayektoriyalarının son kadrından götürülmüşdür.

Həndəsə optimallaşdırılması:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-31G(d,p)} \]

səviyyəsində CPCM implicit-aqueous solvation ilə ORCA 6.1.1 istifadə edilərək aparılmışdır. Harmonik tezlik analizində xəyali tezlik tapılmaması optimallaşdırılmış strukturların potential-energy surface üzərində lokal minimum olduğunu dəstəkləmişdir.

6-31G(d,p) basis set diffuse functions ehtiva etmədiyindən xüsusilə LUMO-nun təsviri üçün daha böyük:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-311+G(d,p)} \]

single-point calculation tətbiq edilmişdir.

Mənbə Koopmans yanaşmasından aşağıdakı konseptual-DFT deskriptorlarını əldə edir:

\[ IP=-E_{\mathrm{HOMO}} \]

\[ EA=-E_{\mathrm{LUMO}} \]

\[ \chi= \frac{IP+EA}{2} \]

\[ \eta= \frac{IP-EA}{2} \]

\[ S= \frac{1}{2\eta} \]

\[ \omega= \frac{\chi^2}{2\eta} \]

Burada \(IP\) ionlaşma potensialı, \(EA\) elektron affinliyi, \(\chi\) elektromənfilik, \(\eta\) chemical hardness, \(S\) softness və \(\omega\) electrophilicity index-dir.

DFT-də diffuse functions niyə vacib idi?

Basis set-ə diffuse functions əlavə edilməsi HOMO-LUMO boşluqlarını ən çox təxminən 0,14 eV dəyişdirmiş, lakin electrophilicity index qiymətlərini bütün dörd ligandda yüzdə 22–39 artırmışdır. Proanthocyanidin-in 6-31G(d,p) səviyyəsindəki LUMO-su:

\[ -0.02~\mathrm{eV} \]

olduğu halda diffuse functions ehtiva edən hesablamada:

\[ -0.55~\mathrm{eV} \]

olmuşdur. Mənbə ilk qiyməti fiziki baxımdan kifayət qədər bağlı olmayan orbital təsviri kimi qiymətləndirmiş və buna görə frontier-orbital deskriptorları üçün genişləndirilmiş basis set-dən istifadə etmişdir.

Toremifene simulyasiyada protonlaşmış, xalis yükü +1 olan formada modelləşdirilmişdir. Yüklü növün dipol momenti koordinat başlanğıc nöqtəsindən asılı olduğuna görə mənbə Toremifene üçün dipol momentini bildirməmişdir. Buna görə Proanthocyanidin–Toremifene müqayisəsi əsasən HOMO-LUMO gap və hardness kimi orbital-enerji fərqlərinə əsaslandırılmışdır.

DFT nəticələrinin şərh məhdudiyyəti xüsusilə vacibdir: bu deskriptorlar izolyasiya olunmuş ligandların məhluldakı elektron quruluşunu təsvir edir. Protein bağlanma affinliyini ölçmür, trayektoriya MM-GBSA-nı etibarsız etmir və antiviral aktivliyi göstərmir.

Tədqiqatın Metodu və Nəticələri

Hesablama resursları

Metodun addım-addım xülasəsi

1. Əvvəllər bildirilmiş 106 Uvaria chamae fitokimyəvi maddəsi başlanğıc məlumat dəsti kimi götürüldü.
2. Strukturu etibarlı şəkildə müəyyən edilə bilməyən joolanin çıxarılaraq 105 birləşmə saxlanıldı.
3. Ligandlar LigPrep ilə hazırlandı; protonlaşma/ionlaşma vəziyyətləri pH 7,4 ± 2,0 şəraitində yaradıldı və OPLS4 ilə optimallaşdırıldı.
4. Ebola hədəfi 5F1B və SARS-CoV-2 hədəfi 7CMD protein hazırlama protokolundan keçirildi.
5. 7CMD docking protokolu co-crystallized ligandın redocking-i ilə yoxlandı və 0,24 Å RMSD əldə edildi.
6. 5F1B üçün uyğun kiçik molekul istinadı olmadığından SiteMap ilə bağlanma cibi müəyyən edildi.
7. 105 fitokimyəvi maddə Glide XP ilə dock edildi.
8. Docking skorları orqan və fitokimyəvi sinfə görə Shapiro-Wilk, Kruskal-Wallis və Dunn testləri ilə araşdırıldı.
9. Bütün dock edilmiş komplekslər Prime MM-GBSA ilə yenidən skorlandı.
10. Bağlanma skoru, enerji, qarşılıqlı təsir profili və ADMET birlikdə qiymətləndirilərək altı yüksək prioritetli fitokimyəvi maddə seçildi.
11. Bu altı namizədin ADMET, physicochemical və medicinal-chemistry profilləri araşdırıldı.
12. Seçilmiş komplekslər induced-fit docking ilə lokal reseptor elastikliyi şəraitində yenidən qiymətləndirildi.
13. Ebola üçün Proanthocyanidin, PLpro üçün Uvangoletin əsas MD namizədləri kimi seçildi.
14. Namizədlər eyni reseptorda Toremifene və GRL0617 istinadları ilə 100 ns MD şəraitində müqayisə edildi.
15. RMSD, RMSF, Rg, SASA, hidrogen rabitələri, DSSP, PLIP, PCA, DCCM, FEL və residue-level energy decomposition analiz edildi.
16. Son 20 ns-dən 201 kadr istifadə edilərək trayektoriya MM-GBSA hesablandı.
17. Final ligand həndəsələri DFT ilə optimallaşdırıldı və conceptual-DFT descriptors hesablandı.
18. Bütün filtrlər birlikdə qiymətləndirilərək Proanthocyanidin və Uvangoletin eksperimental təsdiq üçün prioritetləşdirildi.

Proanthocyanidin niyə Ebola namizədi kimi seçildi?

Proanthocyanidin tam GP1-GP2 kompleksi və ayrıca GP zəncirlərində təkrarlanan şəkildə yüksək sıralı davranmış, induced-fit docking-dən sonra sıx hidrogen-rabitəsi şəbəkəsi yaratmış və 100 ns MD-də Toremifene-dən daha aşağı ligand RMSD ilə bağlanma pozasını daha davamlı qorumuşdur.

Lakin iki mühüm məhdudiyyət vardır:

• Toremifene-in trayektoriya MM-GBSA enerji təxmini Proanthocyanidin-dən daha əlverişlidir.
• Proanthocyanidin-in yüksək molekul çəkisi, yüksək TPSA qiyməti və aşağı predicted permeability-si birbaşa oral inkişaf etdirilə bilməsini məhdudlaşdırır.

Buna görə tədqiqat Proanthocyanidin-i “ən yaxşı antiviral dərman” kimi deyil, struktur baxımından əsaslandırılmış hesablama lead/scaffold-u və eksperimental araşdırma namizədi kimi mövqeləndirir.

Uvangoletin niyə PLpro namizədi kimi seçildi?

Diuvaretin IFD-də daha əlverişli skor versə də, Uvangoletin bütün filtrlərdə daha balanslı profil göstərmişdir. Molekul daha yüksək QED, Lipinski/Golden Triangle uyğunluğu və PLpro-nun BL2 sahəsindəki kritik qalıqlarla davamlı qarşılıqlı təsirləri səbəbindən final MD namizədi olmuşdur.

Uvangoletin 100 ns boyunca PLpro cibində qalmış; GLN269 hidrogen rabitəsini kadrların yüzdə 92-sində saxlamış və namizəd–istinad DCCM fərqi aşağı qalmışdır. Bununla belə ligand RMSD-si GRL0617-dən daha yüksəkdir və trayektoriya MM-GBSA enerjisi də GRL0617 qədər əlverişli deyil. Buna görə nəticə “Uvangoletin GRL0617-dən daha yaxşı inhibitordur” deyil.

Tədqiqatın dəstəklədiyi nəticələr

• 105 Uvaria chamae fitokimyəvi maddəsinin tək bir skor əvəzinə çoxmərhələli hesablama filtrləri ilə prioritetləşdirilməsi mümkündür.
• Bitki orqanı ümumi docking performansında güclü və ardıcıl statistik ayrım yaratmamışdır.
• Ən yüksək sıralanan namizədlər əsasən kök və gövdədə bildirilmiş birləşmələr arasında tapılmışdır.
• Flavonoidlər araşdırılan hər iki hədəfdə ümumilikdə daha əlverişli docking sıraları göstərmişdir.
• Proanthocyanidin Ebola GP sistemində çoxsaylı struktur analizlərdə ardıcıl namizəd profili göstərmişdir.
• Uvangoletin PLpro-nun GRL0617 ilə əlaqəli BL2 cibində 100 ns MD ərzində davamlı qarşılıqlı təsirlər göstərmişdir.
• Namizəd və istinad protein komplekslərinin backbone RMSD, Rg, SASA və secondary-structure profilləri 100 ns ərzində ümumilikdə sabit qalmışdır.
• Trayektoriya MM-GBSA-da istinad inhibitorları hər iki hədəfdə namizədlərdən daha əlverişli enerji təxminləri vermişdir.
• Konseptual DFT Proanthocyanidin və Uvangoletin-in istinadlarına nisbətən daha geniş HOMO-LUMO boşluqları və daha yüksək hardness qiymətləri göstərdiyini üzə çıxarmışdır.
• İki final molekul sonrakı eksperimental təsdiq üçün struktur və elektron baxımdan məqbul hesablama başlanğıc nöqtələridir.

Tədqiqatın dəstəkləmədiyi nəticələr

• Proanthocyanidin-in Ebola virusunu hüceyrədə və ya canlı orqanizmdə inhibə etdiyi göstərilməmişdir.
• Uvangoletin-in SARS-CoV-2 replikasiyasını və ya PLpro ferment aktivliyini eksperimental olaraq inhibə etdiyi göstərilməmişdir.
• Heç bir namizəd üçün IC50, EC50 və ya viral-load azalması ölçülməmişdir.
• Hesablama ADMET nəticələri real insan farmakokinetikası və ya təhlükəsizlik məlumatı deyil.
• 100 ns MD trayektoriyası klinik və ya bioloji effektivlik sübutu deyil.
• Docking skoru eksperimental dissociation constant və ya binding affinity deyil.
• Prime MM-GBSA və trayektoriya MM-GBSA qiymətləri eksperimental sərbəst enerji ölçümü deyil.
• DFT HOMO-LUMO boşluğu protein bağlanma gücünü birbaşa ölçmür.
• Kök və gövdənin daxili olaraq digər orqanlardan daha antiviral olduğu göstərilməmişdir.
• Flavonoidlərin bu hədəflərə qarşı real hüceyrəvi antiviral effektivliyi bu tədqiqatda sınaqdan keçirilməmişdir.
• İki fərqli virus hədəfində fərqli molekulların prioritetləşdirilməsi tək bir birləşmənin iki virusu eyni anda hədəflədiyini göstərmir.

Əsas metodoloji məhdudiyyətlər

• Tamamilə in silico: Nəticələrin hamısı hesablamalıdır; biokimyəvi və ya hüceyrə əsaslı təsdiq yoxdur.
• Tək 100 ns trayektoriya: Hər əsas kompleks üçün tək bir production trayektoriyası istifadə edilmişdir; trayektoriyalararası variasiya ölçülməmişdir.
• Tam konvergensiyaya zəmanət yoxdur: 100 ns struktur sabitliyi tam konformasiya fəzasının nümunələndiyini sübut etmir.
• Force-field asılılığı: Nəticələr seçilən AMBER99SB-ILDN, GAFF2 və TIP3P kimi model seçimlərindən təsirlənə bilər.
• Ebola GP modeli: MD sistemində tam trimer, membran, NPC1 və xüsusilə native glycosylation yoxdur.
• MM-GBSA məhdudiyyəti: Endpoint yanaşmasıdır və konfiqurasiya entropiyası hesablanmamışdır.
• ADMET model sahəsi: Təbii məhsulların mürəkkəb kimyəvi strukturları proqnoz modellərinin applicability domain-indən kənarda və ya sərhədində ola bilər.
• Filtrlərin müstəqil olmaması: Docking, MM-GBSA, IFD və MD-nin bəzi mərhələləri eyni başlanğıc strukturlarına, protonlaşma vəziyyətlərinə və qüvvə sahələrinə əsaslanır.
• Sinif nümunə ölçüləri: Fitokimyəvi siniflərin N qiymətləri bərabər deyil və rank əsaslı müqayisələrə təsir edə bilər.
• Orqan qrupları müstəqil deyil: Eyni metabolit birdən çox orqanda ola bildiyindən orqan statistikasında tam müstəqillik fərziyyəsi zəifləyə bilər.

Mənbənin təklif etdiyi eksperimental davam addımları

Müəlliflər hesablama namizədlərinin real antiviral potensialını müəyyən etmək üçün PLpro enzymatic-inhibition assays, GP-NPC1 competition və ya pseudovirus-entry assays, cell-based antiviral testing, cytotoxicity assessment, solubility, permeability, microsomal stability və metabolite profiling aparılmasını təklif edirlər. Bundan əlavə replicated MD simulations, ensemble receptor conformations və glycosylated GP modeli ilə struktur hipotezlərin dayanıqlığının yenidən yoxlanmalı olduğunu bildirirlər.

Mənbədaxili təqdimat və ardıcıllıq qeydləri

• Uvangoletin Prime MM-GBSA qiyməti xülasədə, Cədvəl 4-də və prose-da −41,69 kcal/mol olduğu halda Cədvəl 7-nin \(\Delta G_{\rm IFD}\) xanasında +41,69 görünür.
• Ümumi computational-resources bölməsi RCSB PDB giriş tarixini 7 oktyabr 2026, protein-preparation bölməsi isə 25 may 2026 kimi verir.
• Cədvəl 4-də bəzi nəzarət docking-score xanalarının onluq nöqtə görünmədən “−5429” və ya “−6566” şəklində çap olunduğu görünür; bu xanalar Verianla-da dəqiq kəmiyyət müqayisəsinə daşınmamışdır.
• Proanthocyanidin final Ebola namizədi olsa da, bütün 5F1B MM-GBSA ölçmələrinin ən mənfi qiymətini verməmişdir; seçim çoxmeyarlı ardıcıllığa əsaslanır.
• Uvangoletin final PLpro namizədi olsa da, ən yaxşı IFD skoru Diuvaretin-ə aiddir; Uvangoletin ümumi inkişaf etdirilə bilmə tarazlığına görə seçilmişdir.

Mənbə və Metod Qeydi

Orijinal başlıq: Hierarchical Computational Prioritization of Uvaria chamae Phytochemicals Targeting Ebola Virus Glycoprotein and SARS-CoV-2 PLpro

Müəlliflər: Sèdami Medegan Fagla, Toussaint Sovegnon, Mélaine Bete, Mariette Sanvi, Boris Legba, Konei E. Hounsou, Jean-Robert Klotoe, Victorien Dougnon.

Müəllif sırası: Sèdami Medegan Fagla → Toussaint Sovegnon → Mélaine Bete → Mariette Sanvi → Boris Legba → Konei E. Hounsou → Jean-Robert Klotoe → Victorien Dougnon.

Məsul müəllif: Victorien Dougnon.

Bərabər töhfə: Mənbədə bərabər birinci müəlliflik və ya bərabər töhfə bəyanı yoxdur.

Qurum 1: Medicinal and Organic Chemistry Laboratory, Faculty of Health Sciences, University of Abomey-Calavi, Cotonou, Benin.

Qurum 2: Research Unit in Applied Microbiology and Pharmacology of Natural Substances, Research Laboratory in Applied Biology, Polytechnic School of Abomey-Calavi, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Qurum 3: Research Unit in Plant Physiology and Adaptation to Abiotic Stresses, Laboratory of Plant Science and Pharmacopoeia, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Jurnal: Compounds.

Nəşriyyat: MDPI, Basel, Switzerland.

Cild / nömrə / məqalə nömrəsi: 6(4), 57.

DOI: 10.3390/compounds6040057.

Təqdim: 20 iyul 2026.

Reviziya: 17 sentyabr 2026.

Qəbul: 4 oktyabr 2026.

Nəşr: 9 oktyabr 2026.

Mənbə növü: Resenziyalı hesablama əsaslı təbii məhsul / molekulyar modelləşdirmə / antiviral namizəd prioritetləşdirmə tədqiqat məqaləsi.

Lisenziya: Creative Commons Attribution 4.0 International, CC BY 4.0.

Əsas məlumat dəsti: Uvaria chamae-dən ədəbiyyatda struktur baxımından xarakterizə edilmiş 105 fitokimyəvi maddə; başlanğıcdakı 106 birləşmədən joolanin struktur qeyri-müəyyənliyinə görə çıxarılmışdır.

Viral hədəflər: Ebola virus glycoprotein GP1-GP2 / PDB 5F1B və SARS-CoV-2 papain-like protease PLpro / PDB 7CMD.

Əsas metod zənciri: Shapiro-Wilk → Kruskal-Wallis → Dunn multiple comparison → Glide XP docking → Prime MM-GBSA → ADMETlab 3.0 → medicinal-chemistry profiling → induced-fit docking → 100 ns GROMACS molecular dynamics → trajectory MM-GBSA → PLIP/PCA/DCCM/FEL → conceptual DFT.

Docking yoxlanması: 7CMD co-crystallized ligand redocking RMSD = 0,24 Å. 5F1B üçün uyğun co-crystallized kiçik-molekul ligand olmadığından SiteMap ilə bağlanma cibi proqnozlaşdırılmışdır.

Final hesablama namizədləri: Ebola GP üçün Proanthocyanidin; SARS-CoV-2 PLpro üçün Uvangoletin.

İstinad inhibitorları: Ebola GP1-GP2 MD müqayisəsində Toremifene; PLpro müqayisəsində GRL0617.

Maliyyələşdirmə: Müəlliflər tədqiqat üçün xüsusi maliyyələşdirmə almadıqlarını bildirmişlər.

Məlumat əlçatanlığı: Tədqiqatın orijinal töhfələrinin məqalə və Supplementary Materials daxilində olduğu; əlavə sualların məsul müəllifə yönəldilə biləcəyi bildirilmişdir.

Maraqlar toqquşması: Müəlliflər maraqlar toqquşmasının olmadığını bəyan etmişlər.

Müəllif töhfələri: S.M.F. konseptuallaşdırma və məqalənin nəzərdən keçirilməsi/redaktəsi; T.S. konseptuallaşdırma, metodun hazırlanması, hesablamalar, məlumat analizi/şərhi, şəkillər və ilk layihə; M.B. konseptuallaşdırma, metod, nəticələrin şərhi və redaktə; M.S. və B.L. məlumatların yoxlanması və redaktə; K.E.H. metod, məlumatların yoxlanması və redaktə; J.-R.K. və V.D. nəzarət və nəzərdən keçirmə/redaktə vəzifələrini yerinə yetirmişdir.

Süni intellekt istifadəsi bəyanatı: Müəlliflər graphical abstract dizaynı və hazırlanmasında Claude (Anthropic, 2026), ingilis dili redaktəsi və tərcüməyə kömək üçün ChatGPT (GPT-5.5 Instant; OpenAI) istifadə etdiklərini; çıxışları özlərinin nəzərdən keçirib redaktə etdiklərini və nəşr məzmununa görə məsuliyyəti üzərlərinə götürdüklərini bildirmişlər.

Əsas elmi nəticə: İyerarxik hesablama iş axını 105 molekulu çoxsaylı meyarlarla daraltmış; Proanthocyanidin və Uvangoletin-i eksperimental təsdiqə aparıla biləcək prioritet hesablama namizədləri kimi müəyyən etmişdir.

Ən mühüm şərh məhdudiyyəti: Tədqiqatda birbaşa antiviral aktivlik ölçülməmişdir. Docking, MD, MM-GBSA, ADMET və ya DFT nəticələri klinik və ya hüceyrəvi antiviral effektivlik sübutu deyil.

Molekulyar dinamika məhdudiyyəti: Hər kompleks üçün tək bir 100 ns production trajectory tam konvergensiyanı və ya trayektoriyalararası dəyişkənliyi sübut etmir.

Ebola struktur modeli məhdudiyyəti: Əsas GP1-GP2 MD modelində tam trimer, membran, NPC1 və xüsusilə təbii qlikozilləşmə yoxdur; bunlar real bağlanma-cibi əlçatanlığını və dinamikasını dəyişə bilər.

MM-GBSA məhdudiyyəti: Konfiqurasiya entropiyası hesablanmamışdır; qiymətlər eyni reseptordakı ligandları nisbi müqayisə etmək üçün istifadə edilən effektiv enerji təxminləridir.

DFT məhdudiyyəti: Conceptual-DFT descriptors izolyasiya olunmuş ligandın elektron quruluşunu təsvir edir; protein-ligand binding affinity ölçümü deyil.

Mənbədaxili enerji işarəsi fərqi: Uvangoletin üçün əsas mətn və Cədvəl 4 −41,69 kcal/mol Prime MM-GBSA bildirdiyi halda Cədvəl 7 müvafiq xanada +41,69 göstərir.

Mənbədaxili giriş tarixi fərqi: RCSB PDB giriş tarixi mənbədə həm 7 oktyabr 2026, həm 25 may 2026 kimi keçir.

Eksperimental təsdiq tələbi: Mənbə PLpro ferment inhibisiyası, GP-NPC1 competition/pseudovirus-entry, cell-based antiviral assay, cytotoxicity, solubility, permeability, microsomal stability və metabolite profiling kimi sonrakı tədqiqatların zəruri olduğunu açıq şəkildə bildirir.