Иерархиялык эсептөөчү фитохимиялык артыкчылык берүү — көп сандагы табигый кошулмаларды бир эле docking упайы боюнча иреттөөнүн ордуна статистика, молекулалык докинг, байланыш энергиясын баалоо, фармакокинетикалык жана уулуулук божомолдору, рецептордун ийкемдүүлүгү, молекулалык динамика жана кванттык-химиялык дескрипторлор сыяктуу бири-бирин толуктаган эсептөөчү чыпкалар менен этап-этабы менен тарылткан талапкер тандоо ыкмасы. Бул изилдөө Uvaria chamae өсүмдүгүнөн мурда түзүлүшү мүнөздөлгөн 105 фитохимиялык затты Ebola вирусунун GP1-GP2 гликопротеин системасына жана SARS-CoV-2нин papain-like protease PLpro ферментине карата баалап, Proanthocyanidin-ди Ebola бутасына, Uvangoletin-ди болсо PLpro үчүн кийинки эксперименттик изилдөөгө өткөрүлө турган эсептөөчү талапкерлер катары артыкчылыкка койгон. Изилдөө клеткада, жаныбарда же адамда вируска каршы натыйжалуулукту көрсөткөн эмес.

Баштапкы маалымат топтому 106 Uvaria chamae метаболитинен турган. Бирок joolanin деп аталган кошулманын химиялык түзүлүшүн азыркы адабияттагы карама-каршы структуралык сүрөттөөлөрдөн улам так дайындоо мүмкүн болбогондуктан ал изилдөөдөн чыгарылып, эсептөөлөр түзүлүшү мүнөздөлгөн 105 кошулмада жүргүзүлгөн. Бул кошулмалар тамыр, сабак, жалбырак жана уруктардан билдирилген флавоноиддерди, ацетогениндерди, фенолдук кошулмаларды, алкалоиддерди, стеролдорду, терпендерди, эфир майынын компоненттерин жана башка фитохимиялык класстарды камтыйт.

Ebola вирусу үчүн PDB ID 5F1B колдонулган. Бул түзүлүш иштетилген Ebola гликопротеининин эндосомалык Niemann–Pick C1 (NPC1) рецептору менен өз ара аракеттенүүсүн көрсөткөндүктөн, вирустун мембрана менен кошулушуна чейинки кирүү баскычын изилдөө үчүн тандалган. SARS-CoV-2 үчүн PDB ID 7CMDдеги papain-like protease PLpro колдонулган. PLpro вирустук полипротеиндерди иштетүүгө да, deubiquitination жана deISGylation активдүүлүктөрү аркылуу кожоюндун тубаса иммунитетин басаңдатууга да катышкан вирустук фермент. 7CMD түзүлүшүндө коваленттик эмес GRL0617 ингибитору болгондуктан docking жана динамикалык салыштыруулар үчүн эксперименттик түрдө аныкталган референс байланыш аймагын берет.

Статистикалык анализде өсүмдүк органы жалпы docking көрсөткүчүнүн күчтүү аныктоочусу болуп чыккан эмес. Ebola бутасы 5F1B үчүн органдардын ортосунда маанилүү айырма табылган эмес; 7CMD үчүн Kruskal–Wallis тести жалпы \(p=0.0316\) көрсөткөнү менен Dunn көп салыштырууларга түзөтүүдөн кийин бир дагы орган жубу маанилүү бойдон калган эмес. Ал эми фитохимиялык класстын таасири айкыныраак болгон: флавоноиддер эки бутада тең эң төмөн, башкача айтканда эң жагымдуу орточо рангдарга ээ болуп, флавоноиддер менен ацетогениндердин айырмасы 5F1B үчүн \(p=0.0002\), 7CMD үчүн \(p=0.0018\) деп табылган.

Ошол эле учурда изилдөө “тамыр менен сабак башка органдардан вируска каршы жагынан артык” деген тыянак чыгарбайт. Эң жогорку орундагы жеке талапкерлердин олуттуу бөлүгү тамыр жана сабактан билдирилген; бирок орган деңгээлиндеги бөлүштүрүүлөр статистикалык жактан жетиштүү ажыраган эмес. Мындан тышкары, айрым метаболиттер бир нече өсүмдүк органында кездешкендиктен бир эле кошулма бир нече топко салым кошо алат; бул топтордун көз карандысыздыгы жөнүндөгү божомолду чектейт.

Ebola GP бутасында Proanthocyanidin GP1 чынжырындагы баштапкы docking анализинде −6,17 kcal/mol XP упайы жана −45,66 kcal/mol Prime MM-GBSA мааниси менен күчтүү профиль көрсөткөн. Бирок Proanthocyanidin бардык Ebola талапкерлеринин ичинен жалгыз “эң терс энергияга ээ молекула” эмес. Мисалы, Squamocin GP2 чынжырында −54,86 kcal/mol, Neoannonin толук GP1-GP2 анализинде −58,35 kcal/mol Prime MM-GBSA маанисин көрсөткөн. Proanthocyanidinдин финалга тандалышынын себеби толук комплексте жана өзүнчө GP1 жана GP2 анализдеринде туруктуураак профиль көрсөтүшү, рецептордун ийкемдүүлүк анализине өткөрүлө алышы жана молекулалык динамика учурунда туруктуу байланыш позасын сакташы.

SARS-CoV-2 PLpro үчүн Uvangoletinдин баштапкы XP docking упайы −6,20 kcal/mol, Prime MM-GBSA баасы −41,69 kcal/mol. Induced-fit dockingден кийин docking упайы −9,43 kcal/molго жакшырган. Diuvaretinдин IFD упайы төмөнүрөөк, башкача айтканда жагымдуураак −11,57 kcal/mol болгонуна карабастан, Uvangoletin docking, байланыш энергиясы, ADMET, medicinal-chemistry касиеттери жана маанилүү PLpro калдыктары менен сакталган өз ара аракеттенүүлөрдүн жалпы тең салмагы боюнча молекулалык динамикага тандалган.

100 ns молекулалык динамика симуляциялары Proanthocyanidinди Ebola GP1-GP2 үстүндө Toremifene менен, Uvangoletinди PLpro үстүндө GRL0617 менен бирдей рецептор шарттарында салыштырган. Protein backbone RMSD төрт негизги системада тез платого жетип, чоң структуралык жылыш байкалган эмес. Ошол эле учурда траекторияга негизделген MM-GBSA референс ингибиторлор эки бутада тең жагымдуураак энергия бааларын бергенин көрсөткөн: Toremifene −49,7 ± 0,3 kcal/mol болсо Proanthocyanidin −37,2 ± 0,3 kcal/mol; GRL0617 −33,7 ± 0,2 kcal/mol болсо Uvangoletin −26,8 ± 0,2 kcal/mol. Демек талапкерлерди артыкчылыкка коюу “референс ингибитордон күчтүүрөөк байланышат” деген дооматка негизделбейт.

Концептуалдык тыгыздык функционалынын теориясы (DFT) анализинде Proanthocyanidin үчүн HOMO-LUMO ажырымы 5,37 eV, Uvangoletin үчүн 4,81 eV деп эсептелген. Булак бул маанилерди төмөнүрөөк frontier-orbital реактивдүүлүк жана салыштырмалуу жогорку ички электрондук туруктуулук менен байланыштырат. Бирок DFT дескрипторлору изоляцияланган лиганддын эритмедеги электрондук касиеттерин чагылдырат; protein-ligand байланыш аффинитетин өлчөбөйт жана MM-GBSAнын ордуна колдонулбайт.

Изилдөөнүн негизги жыйынтыгы вируска каршы дары табуу аяктады деген эмес; чоң жана химиялык жактан гетерогендүү табигый продукт китепканасын эксперименттик сыноолорго өтүүдөн мурун үч деңгээлде — өсүмдүк органы, фитохимиялык класс жана жеке метаболит — системалуу түрдө артыкчылыкка коюуга болорун көрсөтүү. Ошондуктан Proanthocyanidin жана Uvangoletin “тастыкталган вируска каршы агенттер” эмес, эксперименттик текшерүүгө сунушталган эсептөөчү талапкерлер.

Эмне үчүн бул изилдөө вируска каршы дарынын натыйжалуулугун изилдөө эмес, талапкерлерди артыкчылыкка коюу изилдөөсү?

Анткени изилдөөдө Ebola же SARS-CoV-2 менен инфекцияланган клеткалардагы вируска каршы активдүүлүк, вирустук жүк, IC50/EC50, цитотоксикалуулук, жаныбарларды дарылоо же клиникалык жыйынтык өлчөнгөн эмес; изилдөөчүлөр 105 табигый продуктуну эсептөөчү моделдер менен эксперименттик сыноо үчүн тарылтып, өз жыйынтыктарында Proanthocyanidin менен Uvangoletinди “prioritized computational candidates” деп аныктаган.

105 кошулмага кантип жетишилди?

Изилдөөнүн химиялык маалымат топтому авторлор тобу мурда жарыялаган кеңири Uvaria chamae фитохимия маалымат топтомунан алынган. Бул маалымат топтому PubMed, Scopus, ScienceDirect жана Google Scholar издөөлөрүнөн чогултулуп, Uvaria chamae өсүмдүгүнөн бөлүнүп алынганы же ишенимдүү структуралык мүнөздөлгөнү билдирилген кошулмалар гана сакталган.

Башында:

\[ N_{\mathrm{başlangıç}}=106 \]

фитохимиялык зат болгон. Joolaninдин түзүлүшү адабиятта ырааттуу аныкталбагандыктан:

\[ N_{\mathrm{analiz}}=105 \]

фитохимиялык зат эсептөөгө киргизилген.

Бул 105 саны жаңы лабораториялык экстракциянын натыйжасы эмес; мурдагы фитохимиялык адабиятта түзүлүшү мүнөздөлгөн молекулалардын эсептөөчү китепканасы.

Лиганддар кантип даярдалды?

Үч өлчөмдүү лиганд түзүлүштөрү мүмкүн болгондо PubChemден алынып, Schrödinger Suite v2025-1 ичиндеги LigPrep менен даярдалган. Даярдоо баскычы энергияны минималдаштырууну, стереохимияны текшерүүнү, физиологиялык шартты көрсөтүү үчүн pH 7,4 ± 2,0 аралыгында иондошуу абалдарын түзүүнү жана OPLS4 күч талаасы менен геометрияны оптималдаштырууну камтыган.

Бул процесс маанилүү; анткени docking алгоритми молекуланын эки өлчөмдүү химиялык формуласын гана эмес, белгилүү протондолуу, стереохимия жана үч өлчөмдүү конформация абалын колдонот. Ошондуктан лигандды даярдоо кийинки энергия упайларына түз таасир берген методикалык баскыч.

Ebola GP1-GP2 жана SARS-CoV-2 PLpro эмне үчүн эки башка бута катары тандалды?

Эки бута вирустун жашоо циклинин ар башка баскычтарын көрсөтөт: 5F1B Ebola гликопротеининин NPC1 менен байланышкан эндосомалык кирүү жана мембрана кошулуу баскычына, 7CMDдеги PLpro болсо SARS-CoV-2нин вирустук белокторду иштетүү жана иммундук качуу механизмдерине каршы эсептөөчү байланыш талапкерлерин баалоо үчүн тандалган.

Ebola бутасы: PDB 5F1B

5F1B primed Ebola вирусунун гликопротеини эндосомалык Niemann-Pick C1 рецептору менен өз ара аракеттенген структуралык контекстти көрсөтөт. Бул өз ара аракеттенүү мембрана кошулушу жана вирустук геномдун клеткага чыгарылышына чейин болгон критикалык баскыч.

5F1B түзүлүшүндө dockingти текшерүүгө ылайыктуу чогуу кристаллдашкан кичине молекула болбогондуктан изилдөөчүлөр байланыш чөнтөгүн SiteMap менен божомолдошкон. Эң жогорку орундагы чөнтөктөн түзүлгөн grid борбор координаттары:

Салыштырууну камсыз кылуу үчүн ушул эле grid координаттары тиешелүү 5F1B структуралык анализдеринде сакталган.

SARS-CoV-2 бутасы: PLpro, PDB 7CMD

7CMD кристалл түзүлүшүндө коваленттик эмес GRL0617 ингибитору болгондуктан docking grid түздөн-түз ушул лиганддын байланыш аймагына борборлоштурулган:

\[ X=-34.22,\qquad Y=-11.63,\qquad Z=-30.06 \]

Docking протоколу өзүнүн кристалл түзүлүшүн кайра өндүрө аларын текшерүү үчүн co-crystallized ligand кайра dock кылынган. Кристалл поза менен божомолдонгон позанын ортосундагы RMSD:

\[ \mathrm{RMSD}=0.24~\text{\AA} \]

деп табылган. Изилдөө бул кичине четтөөнү 7CMD docking протоколу байланыш позасын кайра түзө аларын ырастоочу көрсөткүч катары колдонот.

Docking, MM-GBSA, IFD, ADMET, молекулалык динамика жана DFT бири-биринен кандай айырмалуу маалымат берет?

Docking мүмкүн болгон байланыш позасын жана баштапкы упайды, Prime MM-GBSA статикалык комплекстин энергия баасын, ADMET өнүктүрүүгө жарамдуулук жана фармакокинетикалык божомолдорду, induced-fit docking локалдык рецептор ийкемдүүлүгүн, молекулалык динамика байланыш позасынын убакыт ичиндеги жүрүм-турумун, траектория MM-GBSA ошол эле рецептордогу талапкер–референс энергия салыштыруусун, DFT болсо изоляцияланган лиганддын электрондук реактивдүүлүк касиеттерин баалайт; бул өлчөөлөр бири-бирин алмаштырбайт.

1. Статистикалык чыпкалоо эмне кылды?

XP docking упайлары адегенде кошулмалар алынган өсүмдүк органына жана фитохимиялык класска жараша топтолгон. Маалыматтардын баары нормалдуу бөлүштүрүүгө туура келбегендиктен Shapiro-Wilk нормалдуулук текшерүүсүнөн кийин параметрдик эмес Kruskal-Wallis тести жана маанилүүлүк табылганда Dunn көп салыштыруу тести колдонулган.

Статистикалык маанилүүлүк чеги:

\[ p<0.05 \]

деп аныкталган.

Төмөн орточо ранг жалпысынан жагымдуураак docking упайларына туура келет. Ошого карабастан орган жыйынтыктарын чечмелөө чектелүү. Айрым метаболиттер бир нече органдан билдирилгендиктен бир эле молекула бир нече топко кириши мүмкүн; бул топтордун толук статистикалык көз карандысыздыгын чектейт.

Фитохимиялык класс жыйынтыктары

Флавоноиддердин орточо рангы 5F1B үчүн 20,82, 7CMD үчүн 13,09. Булак флавоноид скелетиндеги ароматтык система жана көп гидроксил топтору суутек байланыштарына, π-өз ара аракеттенүүлөрүнө жана гидрофобдук контакттарга ыңгайлуу болушу мүмкүн экенин талкуулайт. Бирок авторлор docking scoring functions полигидроксилденген ароматтык түзүлүштөргө системалуу артыкчылык бериши мүмкүн экенин да чектөө катары белгилешет. Ошондуктан класстардын айырмасы чыныгы вируска каршы натыйжалуулуктун эксперименттик далили эмес.

2. Glide XP docking эмнени өлчөйт?

Docking лиганддын бута белоктун тандалган байланыш чөнтөгүндө кандай геометриялык позаларды ала аларын жана бул позалар колдонулган scoring function шартында канчалык жагымдуу экенин божомолдойт. Көбүрөөк терс XP docking упайы колдонулган моделде жагымдуураак божомолдонгон өз ара аракеттенүүнү билдирет; бирок docking упайы эксперименттик байланыш туруктуусу эмес.

3. Prime MM-GBSA эмне үчүн dockingден кийин колдонулду?

Dockingдин жөнөкөйлөштүрүлгөн scoring function ыкмасына кошумча Prime MM-GBSA OPLS4 күч талаасы жана VSGB 2.0 implicit-solvation модели менен protein-ligand комплекстеринин энергия баасын кайра караган. Бул баскыч docking упайы жакшы көрүнүп, бирок кеңири энергия эсептөөсүндө начарлаган талапкерлерди бөлүүгө жардам берет.

Таблица “эң терс MM-GBSA мааниси = финал талапкер” деген бир баскычтуу тандоо болбогонун ачык көрсөтөт. Neoannonin жана O,O-Dimethylcoclaurine айрым энергия критерийлеринде жагымдуураак көрүнгөнү менен, финал MD талапкерлери бардык чыпкалардын жалпы ырааттуулугу боюнча тандалган.

4. ADMET божомолу эмнени баалайт?

ADMET absorption, distribution, metabolism, excretion жана toxicity сөздөрүнүн баш тамгаларынан турат. Изилдөөдө ADMETlab 3.0дин терең көп-тапшырмалуу DMPNN модели менен алты артыкчылыктуу талапкердин өткөрүмдүүлүгү, плазма белогуна байланышы, бөлүштүрүлүшү, кан-мээ тосмосу, CYP өз ара аракеттенүүлөрү, клиренси, жарым ажыроо мезгили жана ар кандай уулуулук endpointтери эсептөө жолу менен божомолдонгон.

Булактын жыйынтыктары боюнча флавоноиддер жалпысынан жогорку plasma-protein binding жана чектелген blood-brain-barrier penetration божомолун көрсөткөн. Neoannonin эң жогорку predicted volume of distribution маанисин, Proanthocyanidin болсо эң төмөн membrane permeability көрсөткөн. Бир нече талапкер үчүн cytochrome P450 өз ара аракеттенүүлөрү божомолдонгон.

Авторлор алты талапкердин эч бири бул эсептөө баскычында түздөн-түз четтетүүнү талап кылган “prohibitive toxicity profile” көрсөткөн эмес деп белгилешет. Бул сөз алты кошулма уулуу эмес же коопсуз экени эксперименттик түрдө көрсөтүлгөн дегенди билдирбейт. ADMETlab жыйынтыктары модель божомолдору; булак 5-таблицада көптөгөн классификация endpointтерин модель ыктымалдыгы катары гана берет.

Medicinal-chemistry профилдери

Булак өзгөчө Proanthocyanidinдин жогорку молекулалык массасы, жогорку полярдык бет аянты, көп суутек байланышын берүүчү/кабыл алуучу топтору жана төмөн predicted permeability себептүү түздөн-түз ооз аркылуу өнүктүрүү жагынан чектелүү экенин талкуулайт. Ошондуктан молекуланы түз эле “дары талапкери” деп атагандан көрө биологиялык активдүү scaffold, механистикалык проба же фармацевтикалык оптималдаштырууну талап кылган талапкер катары түшүндүрүү ылайыктуураак.

5. Induced-fit docking эмне кошту?

Стандарттык docking көбүнчө рецептордун салыштырмалуу туруктуу түзүлүшүн колдонсо, induced-fit docking лиганд менен бирге байланыш чөнтөгүндөгү жакын белок каптал чынжырларынын кайра жайгашуусуна да мүмкүнчүлүк берет. Ошентип лиганддын локалдык белок ийкемдүүлүгү шартында чөнтөккө туура келери кайра бааланат.

Proanthocyanidin IFDден кийин GLU71, ASN69, GLU103, TRP104, ARG136 жана GLU106 сыяктуу калдыктарды камтыган сегиз суутек байланышынан турган тыгыз тармак түзгөн. Uvangoletin болсо LEU162, TYR264, GLY163 жана GLN269 менен төрт суутек байланышын көрсөткөн.

5F1B IFD чеги: Булак IFD протоколун толук multichain GP1-GP2 комплексине колдоно албаганын ачык билдирет. Neoannonin жана Chametin/Chamanetin эки чынжырдын ортосундагы interface аймагынан атайын тандалгандыктан бул лиганддарды бир изоляцияланган чынжырга көчүрүү байланыш чөйрөсүн өзгөртмөк. Proanthocyanidin болсо толук комплекс жана өзүнчө чынжыр анализдеринде ырааттуураак болгондуктан рецептор ийкемдүүлүгүн изилдөөгө өткөрүлгөн.

Булак ичиндеги 7-таблицадагы белги айырмасы: Uvangoletin үчүн 7-таблицанын \(\Delta G_{\rm IFD}\) уячасында \(+41.69\) жазылган. Ал эми аннотация, 4-таблица жана тиешелүү жыйынтык тексти Prime MM-GBSA маанисин \(-41.69~\mathrm{kcal/mol}\) деп берет. Verianla бул эки жазууну унчукпай бир оңдоого бириктирбейт.

100 ns молекулалык динамика симуляциясы эмнени көрсөтөт жана эмнени көрсөтпөйт?

Бул изилдөөдөгү 100 ns молекулалык динамика эсептөө аркылуу алынган байланыш позалары explicit-water чөйрөсүндө убакыт өткөн сайын структуралык жактан сакталабы жана талапкерлер ошол эле рецептордогу референс ингибиторлорго салыштырмалуу кандай жүрүм-турум көрсөтөрүн көрсөтөт; вируска каршы натыйжалуулукту, биожеткиликтүүлүктү же дарылоонун ийгилигин түздөн-түз көрсөтпөйт.

Молекулалык динамика системасы кантип курулду?

Беш solvated система симуляцияланган. Негизги салыштыруулар төрт комплекс: Uvangoletin–PLpro, GRL0617–PLpro, Proanthocyanidin–GP1-GP2 жана Toremifene–GP1-GP2. Бешинчи система Proanthocyanidin изоляцияланган GP1 суббирдигине байланышкан контролдук система болуп, анын деталдары Supplementary Material ичинде билдирилген.

RMSD деген эмне?

Root mean square deviation (RMSD) симуляция учурунда атомдор тобунун референс түзүлүшкө салыштырмалуу орточо мейкиндиктик четтөөсүн көзөмөлдөйт. Protein-backbone RMSD белгилүү бир аймакка жетип, көзөмөлсүз көтөрүлбөшү түзүлүш чоң масштабда жылып кетпегенин баалоо үчүн колдонулат. Бул изилдөө төрт негизги комплекстин баары алгачкы болжол менен 10 ns ичинде плато аймагына өткөнүн билдирет.

Uvangoletin лиганд RMSD эмне үчүн кайра эсептелди?

Булак automated ligand-RMSD анализинде Uvangoletin периоддук чек ара шарттарында коңшу simulation boxка сүрөттөлгөндүктөн биринчи кадрдан тартып жасалма түрдө жогору жана дээрлик туруктуу RMSD пайда болгонун аныктаган. Изилдөөчүлөр траектория snapshotтарынан белок менен лигандды кайра бүтүндөштүрүп, ар бир кадрды protein backbone боюнча Kabsch fit менен биринчи кадрга тууралап, лиганд heavy-atom RMSDни кайра эсептешкен.

Оңдолгон Uvangoletin лиганд RMSD:

\[ 0.278\pm0.111~\mathrm{nm} \]

деп алынган. GRL0617 үчүн:

\[ 0.176\pm0.066~\mathrm{nm} \]

табылган.

Uvangoletin болжол менен 45–65 ns аралыгында кыймылдуураак болуп, 64 nsда болжол менен 0,58 nm максимумга жеткен. Бирок бул кыймыл лиганд чөнтөктөн чыгып кетти деп түшүндүрүлгөн эмес; GLN269 суутек байланышы талданган кадрлардын 92 пайызында сакталган.

RMSF жана radius of gyration эмнени айтып берет?

RMSF жеке белок калдыктарынын убакыт ичиндеги кыймылдуулугун баалайт. Булак төрт системада орточо RMSF болжол менен 0,11–0,15 nm аралыгында болгонун жана байланыш чөнтөгүнүн калдыктары бетке ачык loop аймактарынан азыраак термелгенин билдирет.

Radius of gyration белок атомдорунун масса борборуна салыштырмалуу бөлүштүрүлүшүнүн компакттуулугун көзөмөлдөйт. Төрт комплекстин Rg маанилери симуляция бою туруктуу калышы белоктор чоң масштабда ачылуу же кулап түшүү көрсөтпөгөнү катары түшүндүрүлгөн.

SASA эмне эле?

Solvent-accessible surface area белок комплексинин эриткичке жеткиликтүү бет аянтын көзөмөлдөйт. Булак SASA бардык системаларда болжол менен туруктуу калганын жана лиганд байланышы белоктордо чоң бет ачылышын же структуралык кайра уюштурууну жаратпаганын билдирет.

DSSP эмнени текшерди?

DSSP анализи белоктордун α-helix, β-sheet жана башка экинчи түзүлүш элементтери траектория бою сакталган-сакталбаганын көзөмөлдөгөн. Төрт системада тең α-helix жана β-sheet түзүлүштөрү негизинен сакталган; чектелген сандагы loop аймактарында гана кичине өтүүлөр байкалган.

Траектория MM-GBSA кантип колдонулду?

MM-GBSA эсептөөлөрү production траекторияларынын акыркы 20 ns бөлүгүнөн тең аралыкта тандалган:

\[ N=201 \]

кадрда жүргүзүлгөн.

Колдонулган негизги шарттар:

• gmx_MMPBSA v1.6.4 жана MMPBSA.py v16.0,
• OBC2 Generalized Born модели, \(igb=5\),
• mbondi2 intrinsic radii,
• 0,150 M implicit salt concentration,
• 298,15 K,
• nonpolar solvation үчүн LCPO негизиндеги solvent-accessible surface area.

Конфигурациялык энтропия эсептелген эмес. Ошондуктан булак жалпы маанилерди абсолюттук эксперименттик байланыш эркин энергиялары катары эмес, бир эле рецепторго байланышкан талапкер менен референсти салыштырмалуу салыштыруу үчүн колдонулган энтальпия-салмакталган эффективдүү MM-GBSA баалары катары түшүндүрөт.

Ebola жубунда Toremifene абдан күчтүү жагымдуу электростатикалык компонент:

\[ -142.9~\mathrm{kcal/mol} \]

көрсөткөн, бирок бул артыкчылык чоң жагымсыз polar desolvation компоненти менен:

\[ +150.9~\mathrm{kcal/mol} \]

олуттуу тең салмакталган. Proanthocyanidinдин электростатикалык салымы −15,1 kcal/mol, polar desolvation жазасы +31,1 kcal/mol жана van der Waals салымы −46,6 kcal/mol деп билдирилген.

PLpro жубунда 6,9 kcal/mol GRL0617–Uvangoletin айырмасынын негизги булагы van der Waals компоненти:

\[ -38.0~\mathrm{kcal/mol} \quad\text{ve}\quad -30.7~\mathrm{kcal/mol}. \]

Электростатикалык салым Uvangoletin үчүн бир аз жагымдуураак:

\[ -20.6~\mathrm{kcal/mol} \]

жана GRL0617 үчүн:

\[ -16.1~\mathrm{kcal/mol}. \]

Туруктуу protein-ligand өз ара аракеттенүүлөрү

Uvangoletinдин TYR264, TYR268, GLN269 жана PRO247/248 айланасында сактаган өз ара аракеттенүүлөрү булакта GRL0617 байланышкан BL2 субчөнтөгүнүн белгилүү түзүлүшү менен байланыштырылат. Изилдөөчүлөр бул окшоштукту механистикалык жактан маанилүү структуралык гипотеза катары түшүндүрүшөт. Бирок булак бул фермент ингибициясынын эксперименттик далили эмес экенин ачык айтат.

Proanthocyanidin GP1-GP2 interface аймагында Toremifeneден айырмалуу химиялык стратегия колдонгон. Proanthocyanidin бир нече гидрофобдук жана суутек-байланыш контакттарына таралган тармак көрсөткөн, ал эми Toremifene протондолгон үчүнчүлүк амини аркылуу GP2 GLU523 менен кадрлардын 60 пайызында туз көпүрөсүн түзгөн.

DCCM эмнени өлчөйт?

Dynamic cross-correlation matrix (DCCM) белок калдыктарынын кыймылдары чогуу бир багытта, карама-каршы багытта же бири-биринен көз карандысыз жүргөнүн баалайт. Булак 3 × 3 Cartesian covariance блокторун:

\[ \frac{C_{ij}} {\sqrt{C_{ii}C_{jj}}} \]

түрүндө нормалдаштырган.

PLproдо Uvangoletin менен GRL0617 ортосундагы коллективдүү кыймыл айырмасы кичине: off-diagonal калдык жуптарындагы mean absolute deviation 0,107 жана жуптардын болгону 2,4 пайызы 0,3төн жогору.

Ebola GP1-GP2 системасында талапкер–референс динамикалык айырмасы чоңураак: mean absolute deviation 0,178; жуптардын 18,7 пайызы 0,3төн, 3,9 пайызы 0,5тен жогору. Айырмалар өзгөчө GP2 жана GP1-GP2 interface айланасында топтолгон. Булак муну экинчи түзүлүш жоготуусу эмес, сегменттер ортосундагы динамикалык coupling кайра бөлүштүрүлүшү катары түшүндүрөт.

Эркин энергия ландшафты кантип эсептелди?

Булак биринчи эки backbone principal component үстүндөгү probability densityден эркин энергия ландшафтын:

\[ \Delta G = -k_B T \ln \left( \frac{P}{P_{\max}} \right) \]

байланышы менен эсептеген.

Бул жерде \(k_B\) Boltzmann туруктуусу, \(T=298.15\) K температура, \(P\) белгилүү PC1-PC2 аймагындагы ыктымалдык тыгыздыгы жана \(P_{\max}\) максималдуу ыктымалдык тыгыздыгы. Эң төмөн \(\Delta G\) аймактары траектория көбүрөөк үлгү алган төмөн-эркин-энергиялуу конформациялык бассейндерди көрсөтөт.

2 kJ/mol contourда PLpro–GRL0617 траекториясынын 71 пайызы, Uvangoletin траекториясынын 50 пайызы бир үстөм бассейнде болгон. Uvangoletin үчүн экинчи минимум негизги минимумдан 3,12 kJ/mol жогору жана алгачкы 23 nsге тиешелүү кадрлардан гана турат; булак муну equilibration учурунда ташталган баштапкы абал катары түшүндүрөт.

Ebola системасында эки комплекс тең эки бассейн көрсөткөн. Toremifeneдин экинчи бассейни глобалдык минимумдан 1,35 kJ/mol жогору болуп, 16–42 ns аралыгында байкалган. Proanthocyanidinдин эки бассейни болгону 0,76 kJ/mol айырма менен дээрлик тең энергиялуу болуп, өтүү болжол менен 51 ns айланасында болгон. Proanthocyanidin лиганд RMSD ошол убакта төмөн бойдон калганы белок лиганд таштабаган байланыш позасынын айланасында кайра уюшулган деп түшүндүрүлгөн.

Булак бул эркин энергия ландшафттарын энтальпия компоненттерине бөлгөн эмес. Solvated simulation box потенциалдык энергиясы PC1/PC2 менен дээрлик байланышсыз:

\[ R^2=0.0004. \]

Ошондуктан булак мындай бөлүштүрүү конформациялык эркин энергиядан көбүрөөк эриткичтин термелүүсүн чагылдырат деп белгилейт.

Residue-level MM-GBSA эмнени көрсөттү?

Булак өзгөчө баса белгилеген үйрөтүүчү чекит GLU100: Toremifene–GLU100 контакты кадрлардын болгону 16 пайызында көрүнгөнү менен residue-energy decompositionда −6,24 kcal/mol менен эң чоң салымды берген. Бул өз ара аракеттенүүнүн канчалык көп көрүнөрү менен энергиялык салымы канчалык чоң экени бир эле түшүнүк эмес экенин көрсөтөт.

Концептуалдык DFT эмне үчүн изилдөөнүн акыркы баскычында?

DFT анализи байланыш упайларын кайра иреттөө үчүн эмес, финал талапкерлердин электрондук түзүлүштөрүн жана frontier-orbital реактивдүүлүгүн референс ингибиторлор менен салыштыруу үчүн колдонулган. Баштапкы геометриялар MD траекторияларынын акыркы кадрынан алынган.

Геометрияны оптималдаштыруу:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-31G(d,p)} \]

деңгээлинде CPCM implicit-aqueous solvation менен ORCA 6.1.1 колдонулуп жүргүзүлгөн. Гармоникалык жыштык анализинде элестүү жыштык табылбаганы оптималдаштырылган түзүлүштөр potential-energy surface үстүндө локалдык минимум экенин колдогон.

6-31G(d,p) basis set diffuse functions камтыбагандыктан өзгөчө LUMOну сүрөттөө үчүн чоңураак:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-311+G(d,p)} \]

single-point calculation колдонулган.

Булак Koopmans ыкмасынан төмөнкү концептуалдык-DFT дескрипторлорун чыгарат:

\[ IP=-E_{\mathrm{HOMO}} \]

\[ EA=-E_{\mathrm{LUMO}} \]

\[ \chi= \frac{IP+EA}{2} \]

\[ \eta= \frac{IP-EA}{2} \]

\[ S= \frac{1}{2\eta} \]

\[ \omega= \frac{\chi^2}{2\eta} \]

Бул жерде \(IP\) иондошуу потенциалы, \(EA\) электрон аффинитети, \(\chi\) электртерстүүлүк, \(\eta\) chemical hardness, \(S\) softness жана \(\omega\) electrophilicity index.

DFTдеги diffuse functions эмне үчүн маанилүү болгон?

Basis setке diffuse functions кошуу HOMO-LUMO ажырымдарын эң көп болжол менен 0,14 eV өзгөрткөн, бирок electrophilicity index маанилерин төрт лиганддын баарында 22–39 пайызга көбөйткөн. Proanthocyanidinдин 6-31G(d,p) деңгээлиндеги LUMOсу:

\[ -0.02~\mathrm{eV} \]

болсо, diffuse functions камтыган эсепте:

\[ -0.55~\mathrm{eV} \]

болгон. Булак биринчи маанини физикалык жактан жетиштүү байланышпаган орбиталдык сүрөттөө катары баалап, ошондуктан frontier-orbital дескрипторлору үчүн кеңейтилген basis set колдонгон.

Toremifene симуляцияда протондолгон, таза заряды +1 болгон формада моделденген. Заряддалган түрдүн диполь моменти координатанын башталыш чекитине көз каранды болгондуктан булак Toremifene үчүн диполь моментин билдирген эмес. Ошондуктан Proanthocyanidin–Toremifene салыштыруусу негизинен HOMO-LUMO gap жана hardness сыяктуу орбитал-энергия айырмаларына таянат.

DFT жыйынтыктарынын түшүндүрмө чеги өзгөчө маанилүү: бул дескрипторлор изоляцияланган лиганддардын эритмедеги электрондук түзүлүшүн сүрөттөйт. Protein binding affinityни өлчөбөйт, траектория MM-GBSAны жокко чыгарбайт жана вируска каршы активдүүлүктү көрсөтпөйт.

Изилдөөнүн Ыкмасы жана Жыйынтыктары

Эсептөө ресурстары

Ыкманын кадам-кадам кыскача баяны

1. Мурда билдирилген 106 Uvaria chamae фитохимиялык заты баштапкы маалымат топтому катары алынды.
2. Түзүлүшү ишенимдүү аныкталбаган joolanin чыгарылып, 105 кошулма сакталды.
3. Лиганддар LigPrep менен даярдалды; протондолуу/иондошуу абалдары pH 7,4 ± 2,0 шартында түзүлүп, OPLS4 менен оптималдаштырылды.
4. Ebola бутасы 5F1B жана SARS-CoV-2 бутасы 7CMD белок даярдоо протоколунан өткөрүлдү.
5. 7CMD docking протоколу co-crystallized ligand redocking аркылуу текшерилип, 0,24 Å RMSD алынды.
6. 5F1B үчүн ылайыктуу кичине молекула референси болбогондуктан SiteMap менен байланыш чөнтөгү аныкталды.
7. 105 фитохимиялык зат Glide XP менен dock кылынды.
8. Docking упайлары орган жана фитохимиялык класска жараша Shapiro-Wilk, Kruskal-Wallis жана Dunn тесттери менен изилденди.
9. Бардык dock кылынган комплекстер Prime MM-GBSA менен кайра упайланды.
10. Байланыш упайы, энергия, өз ара аракеттенүү профили жана ADMET чогуу бааланып, алты жогорку артыкчылыктуу фитохимиялык зат тандалды.
11. Бул алты талапкердин ADMET, physicochemical жана medicinal-chemistry профилдери изилденди.
12. Тандалган комплекстер induced-fit docking менен локалдык рецептор ийкемдүүлүгү шартында кайра бааланды.
13. Ebola үчүн Proanthocyanidin, PLpro үчүн Uvangoletin негизги MD талапкерлер катары тандалды.
14. Талапкерлер ошол эле рецептордо Toremifene жана GRL0617 референстери менен 100 ns MD шартында салыштырылды.
15. RMSD, RMSF, Rg, SASA, суутек байланыштары, DSSP, PLIP, PCA, DCCM, FEL жана residue-level energy decomposition талданды.
16. Акыркы 20 nsден 201 кадр колдонулуп траектория MM-GBSA эсептелди.
17. Финал лиганд геометриялары DFT менен оптималдаштырылып, conceptual-DFT descriptors эсептелди.
18. Бардык чыпкалар чогуу бааланып, Proanthocyanidin жана Uvangoletin эксперименттик текшерүү үчүн артыкчылыкка коюлду.

Proanthocyanidin эмне үчүн Ebola талапкери катары тандалды?

Proanthocyanidin толук GP1-GP2 комплексинде жана өзүнчө GP чынжырларында кайра-кайра жогорку орун көрсөткөн, induced-fit dockingден кийин тыгыз суутек-байланыш тармагын түзгөн жана 100 ns MDде Toremifeneге караганда төмөн лиганд RMSD менен байланыш позасын туруктуураак сактаган.

Бирок эки маанилүү чек бар:

• Toremifeneдин траектория MM-GBSA энергия баасы Proanthocyanidinден жагымдуураак.
• Proanthocyanidinдин жогорку молекулалык массасы, жогорку TPSA мааниси жана төмөн predicted permeability түздөн-түз ооз аркылуу өнүктүрүү мүмкүнчүлүгүн чектейт.

Ошондуктан изилдөө Proanthocyanidinди “эң жакшы вируска каршы дары” катары эмес, структуралык жактан негиздүү эсептөөчү lead/scaffold жана эксперименттик изилдөө талапкери катары жайгаштырат.

Uvangoletin эмне үчүн PLpro талапкери катары тандалды?

Diuvaretin IFDде жагымдуураак упай бергенине карабастан, Uvangoletin бардык чыпкаларда тең салмактуураак профиль көрсөткөн. Молекула жогорку QED, Lipinski/Golden Triangle шайкештиги жана PLproнун BL2 аймагындагы маанилүү калдыктар менен туруктуу өз ара аракеттенүүлөрү себептүү финал MD талапкери болгон.

Uvangoletin 100 ns бою PLpro чөнтөгүндө калган; GLN269 суутек байланышын кадрлардын 92 пайызында сактаган жана талапкер–референс DCCM айырмасы төмөн бойдон калган. Ошол эле учурда лиганд RMSD GRL0617ден жогору жана траектория MM-GBSA энергиясы да GRL0617дей жагымдуу эмес. Ошондуктан жыйынтык “Uvangoletin GRL0617ден жакшы ингибитор” деген эмес.

Изилдөө колдогон жыйынтыктар

• 105 Uvaria chamae фитохимиялык затын бир упайдын ордуна көп баскычтуу эсептөөчү чыпкалар менен артыкчылыкка коюуга болот.
• Өсүмдүк органы глобалдык docking көрсөткүчүндө күчтүү жана ырааттуу статистикалык айырма жараткан эмес.
• Эң жогорку орундагы талапкерлер негизинен тамыр жана сабактан билдирилген кошулмалардын арасынан табылган.
• Флавоноиддер изилденген эки бутада тең жалпысынан жагымдуураак docking рангдарын көрсөткөн.
• Proanthocyanidin Ebola GP системасында көп структуралык анализде ырааттуу талапкер профилин көрсөткөн.
• Uvangoletin PLproнун GRL0617 менен байланышкан BL2 чөнтөгүндө 100 ns MD бою туруктуу өз ара аракеттенүүлөрдү көрсөткөн.
• Талапкер жана референс protein комплекстеринин backbone RMSD, Rg, SASA жана secondary-structure профилдери 100 ns ичинде негизинен туруктуу калган.
• Траектория MM-GBSAда референс ингибиторлор эки бутада тең талапкерлерден жагымдуураак энергия бааларын берген.
• Концептуалдык DFT Proanthocyanidin жана Uvangoletin референстерине салыштырмалуу кеңири HOMO-LUMO ажырымдарын жана жогорку hardness маанилерин көрсөткөнүн аныктаган.
• Эки финал молекула кийинки эксперименттик текшерүү үчүн структуралык жана электрондук жактан ылайыктуу эсептөөчү баштапкы чекиттер.

Изилдөө колдобогон жыйынтыктар

• Proanthocyanidin Ebola вирусун клеткада же тирүү организмде басаңдатары көрсөтүлгөн эмес.
• Uvangoletin SARS-CoV-2 репликациясын же PLpro фермент активдүүлүгүн эксперименттик түрдө басаңдатары көрсөтүлгөн эмес.
• Бир да талапкер үчүн IC50, EC50 же viral-load азайышы өлчөнгөн эмес.
• Эсептөөчү ADMET жыйынтыктары чыныгы адам фармакокинетикасы же коопсуздук маалыматы эмес.
• 100 ns MD траекториясы клиникалык же биологиялык натыйжалуулуктун далили эмес.
• Docking упайы эксперименттик dissociation constant же binding affinity эмес.
• Prime MM-GBSA жана траектория MM-GBSA маанилери эксперименттик эркин энергия өлчөөсү эмес.
• DFT HOMO-LUMO ажырымы protein binding күчүн түздөн-түз өлчөбөйт.
• Тамыр жана сабак башка органдардан ички жактан көбүрөөк вируска каршы экендиги көрсөтүлгөн эмес.
• Флавоноиддердин бул буталарга каршы чыныгы клеткалык вируска каршы натыйжалуулугу бул изилдөөдө сыналган эмес.
• Эки башка вирус бутасында ар башка молекулаларды артыкчылыкка коюу бир кошулма эки вирусту бир убакта бута кылат дегенди билдирбейт.

Негизги методикалык чектөөлөр

• Толугу менен in silico: Жыйынтыктардын баары эсептөөчү; биохимиялык же клетка-негиздүү текшерүү жок.
• Бир гана 100 ns траектория: Ар бир негизги комплекс үчүн бир production траектория колдонулган; траекториялар аралык вариация өлчөнгөн эмес.
• Толук конвергенция кепилдиги жок: 100 ns структуралык туруктуулук бүт конформациялык мейкиндик үлгүлөнгөнүн далилдебейт.
• Force-field көз карандылыгы: Жыйынтыктар тандалган AMBER99SB-ILDN, GAFF2 жана TIP3P сыяктуу модель тандоолорунан таасир алышы мүмкүн.
• Ebola GP модели: MD системасында толук тример, мембрана, NPC1 жана өзгөчө native glycosylation жок.
• MM-GBSA чектөөсү: Endpoint ыкмасы жана конфигурациялык энтропия эсептелген эмес.
• ADMET модель аймагы: Табигый продуктулардын татаал химиялык түзүлүштөрү божомол моделдеринин applicability domainинен тышкары же анын чегинде болушу мүмкүн.
• Чыпкалар көз карандысыз эмес: Docking, MM-GBSA, IFD жана MDнин айрым баскычтары бирдей баштапкы түзүлүштөргө, протондолуу абалдарына жана күч талааларына таянат.
• Класс үлгү өлчөмдөрү: Фитохимиялык класстардын N маанилери бирдей эмес жана рангга негизделген салыштырууларга таасир бериши мүмкүн.
• Орган топтору көз карандысыз эмес: Бир метаболит бир нече органдан табылышы мүмкүн болгондуктан орган статистикасында толук көз карандысыздык божомолу алсырайт.

Булак сунуштаган кийинки эксперименттик кадамдар

Авторлор эсептөөчү талапкерлердин чыныгы вируска каршы потенциалын аныктоо үчүн PLpro enzymatic-inhibition assays, GP-NPC1 competition же pseudovirus-entry assays, cell-based antiviral testing, cytotoxicity assessment, solubility, permeability, microsomal stability жана metabolite profiling жүргүзүүнү сунушташат. Мындан тышкары replicated MD simulations, ensemble receptor conformations жана glycosylated GP модели менен структуралык гипотезалардын туруктуулугун кайра текшерүү керек экенин белгилешет.

Булак ичиндеги берүү жана ырааттуулук эскертүүлөрү

• Uvangoletin Prime MM-GBSA мааниси аннотацияда, 4-таблицада жана proseда −41,69 kcal/mol болсо, 7-таблицанын \(\Delta G_{\rm IFD}\) уячасында +41,69 көрүнөт.
• Жалпы computational-resources бөлүмү RCSB PDBге кирүү датасын 7 октябрь 2026, protein-preparation бөлүмү 25 май 2026 деп берет.
• 4-таблицада айрым контролдук docking-score уячалары ондук чекит көрүнбөй “−5429” же “−6566” түрүндө басылган; бул уячалар Verianlaда так сандык салыштырууга көчүрүлгөн эмес.
• Proanthocyanidin финал Ebola талапкери болгону менен бардык 5F1B MM-GBSA өлчөөлөрүнүн эң терс маанисин берген эмес; тандоо көп-критерийлүү ырааттуулукка негизделген.
• Uvangoletin финал PLpro талапкери болгону менен эң жакшы IFD упайы Diuvaretinге таандык; Uvangoletin жалпы өнүктүрүүгө жарамдуулук тең салмагы себептүү тандалган.

Булак жана Ыкма Жөнүндө Эскертүү

Түпнуска аталыш: Hierarchical Computational Prioritization of Uvaria chamae Phytochemicals Targeting Ebola Virus Glycoprotein and SARS-CoV-2 PLpro

Авторлор: Sèdami Medegan Fagla, Toussaint Sovegnon, Mélaine Bete, Mariette Sanvi, Boris Legba, Konei E. Hounsou, Jean-Robert Klotoe, Victorien Dougnon.

Авторлордун ирети: Sèdami Medegan Fagla → Toussaint Sovegnon → Mélaine Bete → Mariette Sanvi → Boris Legba → Konei E. Hounsou → Jean-Robert Klotoe → Victorien Dougnon.

Жооптуу автор: Victorien Dougnon.

Бирдей салым: Булакта бирдей биринчи авторлук же бирдей салым билдирүүсү жок.

Мекеме 1: Medicinal and Organic Chemistry Laboratory, Faculty of Health Sciences, University of Abomey-Calavi, Cotonou, Benin.

Мекеме 2: Research Unit in Applied Microbiology and Pharmacology of Natural Substances, Research Laboratory in Applied Biology, Polytechnic School of Abomey-Calavi, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Мекеме 3: Research Unit in Plant Physiology and Adaptation to Abiotic Stresses, Laboratory of Plant Science and Pharmacopoeia, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Журнал: Compounds.

Басма: MDPI, Basel, Switzerland.

Том / номер / макала номери: 6(4), 57.

DOI: 10.3390/compounds6040057.

Тапшыруу: 20 июль 2026.

Кайра кароо: 17 сентябрь 2026.

Кабыл алуу: 4 октябрь 2026.

Жарыя: 9 октябрь 2026.

Булак түрү: Рецензияланган эсептөөчү табигый продукт / молекулалык моделдөө / вируска каршы талапкерлерди артыкчылыкка коюу изилдөө макаласы.

Лицензия: Creative Commons Attribution 4.0 International, CC BY 4.0.

Негизги маалымат топтому: Uvaria chamae өсүмдүгүнөн адабиятта түзүлүшү мүнөздөлгөн 105 фитохимиялык зат; баштапкы 106 кошулмадан joolanin структуралык белгисиздик себептүү чыгарылган.

Вирустук буталар: Ebola virus glycoprotein GP1-GP2 / PDB 5F1B жана SARS-CoV-2 papain-like protease PLpro / PDB 7CMD.

Негизги ыкма чынжыры: Shapiro-Wilk → Kruskal-Wallis → Dunn multiple comparison → Glide XP docking → Prime MM-GBSA → ADMETlab 3.0 → medicinal-chemistry profiling → induced-fit docking → 100 ns GROMACS molecular dynamics → trajectory MM-GBSA → PLIP/PCA/DCCM/FEL → conceptual DFT.

Docking текшерүүсү: 7CMD co-crystallized ligand redocking RMSD = 0,24 Å. 5F1B үчүн ылайыктуу co-crystallized кичине-молекулалык лиганд болбогондуктан SiteMap менен байланыш чөнтөгү божомолдонгон.

Финал эсептөөчү талапкерлер: Ebola GP үчүн Proanthocyanidin; SARS-CoV-2 PLpro үчүн Uvangoletin.

Референс ингибиторлор: Ebola GP1-GP2 MD салыштыруусунда Toremifene; PLpro салыштыруусунда GRL0617.

Каржылоо: Авторлор изилдөө үчүн атайын каржылоо албаганын билдиришкен.

Маалымат жеткиликтүүлүгү: Изилдөөнүн оригинал салымдары макала жана Supplementary Materials ичинде экени; кошумча суроолор жооптуу авторго багытталары белгиленген.

Кызыкчылыктардын кагылышы: Авторлор кызыкчылыктардын кагылышы жок экенин билдиришкен.

Авторлордун салымдары: S.M.F. концептуалдаштыруу жана макаланы кароо/редакциялоо; T.S. концептуалдаштыруу, ыкма иштеп чыгуу, эсептөөлөр, маалымат анализи/чечмелөө, сүрөттөр жана биринчи долбоор; M.B. концептуалдаштыруу, ыкма, жыйынтыктарды чечмелөө жана редакциялоо; M.S. жана B.L. маалыматты текшерүү жана редакциялоо; K.E.H. ыкма, маалыматты текшерүү жана редакциялоо; J.-R.K. жана V.D. көзөмөл жана кароо/редакциялоо милдеттерин аткарышкан.

Жасалма интеллект колдонуу билдирүүсү: Авторлор graphical abstract дизайны жана өндүрүшүндө Claude (Anthropic, 2026), англис тилин редакциялоо жана котормого жардам үчүн ChatGPT (GPT-5.5 Instant; OpenAI) колдонушканын; чыгыштарды өздөрү карап чыгып редакциялашканын жана жарыяланган мазмун үчүн жоопкерчиликти алышканын билдиришкен.

Негизги илимий жыйынтык: Иерархиялык эсептөө иш агымы 105 молекуланы көп критерий менен тарылтып, Proanthocyanidin жана Uvangoletinди эксперименттик текшерүүгө алып барууга боло турган артыкчылыктуу эсептөөчү талапкерлер катары аныктаган.

Эң маанилүү түшүндүрмө чеги: Изилдөөдө түз вируска каршы активдүүлүк өлчөнгөн эмес. Docking, MD, MM-GBSA, ADMET же DFT жыйынтыктары клиникалык же клеткалык вируска каршы натыйжалуулуктун далили эмес.

Молекулалык динамика чектөөсү: Ар бир комплекс үчүн бир гана 100 ns production trajectory толук конвергенцияны же траекториялар аралык өзгөрмөлүүлүктү далилдебейт.

Ebola структуралык модель чектөөсү: Негизги GP1-GP2 MD моделинде толук тример, мембрана, NPC1 жана өзгөчө табигый гликозилденүү жок; булар чыныгы байланыш-чөнтөк жеткиликтүүлүгүн жана динамикасын өзгөртө алат.

MM-GBSA чектөөсү: Конфигурациялык энтропия эсептелген эмес; маанилер ошол эле рецептордогу лиганддарды салыштырмалуу салыштыруу үчүн колдонулган эффективдүү энергия баалары.

DFT чектөөсү: Conceptual-DFT descriptors изоляцияланган лиганддын электрондук түзүлүшүн сүрөттөйт; protein-ligand binding affinity өлчөмү эмес.

Булак ичиндеги энергия белгиси айырмасы: Uvangoletin үчүн негизги текст жана 4-таблица −41,69 kcal/mol Prime MM-GBSA берсе, 7-таблица тиешелүү уячада +41,69 көрсөтөт.

Булак ичиндеги кирүү датасы айырмасы: RCSB PDBге кирүү датасы булакта 7 октябрь 2026 жана 25 май 2026 деп эки башка берилет.

Эксперименттик текшерүү талабы: Булак PLpro фермент ингибициясы, GP-NPC1 competition/pseudovirus-entry, cell-based antiviral assay, cytotoxicity, solubility, permeability, microsomal stability жана metabolite profiling сыяктуу кийинки изилдөөлөр зарыл экенин ачык белгилейт.