Diaphragma Juglandis Fructus (DJF) yong‘oq mevasidagi mag‘iz bo‘laklarini bir-biridan ajratib turadigan va ko‘pincha yon mahsulot sifatida qoladigan septum to‘qimasidir. Ushbu tadqiqotda DJFdan suv yordamida tayyorlangan AED (aqueous extract of Diaphragma Juglandis Fructus), ya’ni yong‘oq septumining suvli ekstrakti; yallig‘lanish, ichak epitelial to‘sig‘i va metabolik o‘zgarishlar bilan bog‘liq ta’sirlari jihatidan o‘rganilgan. Tadqiqot odamlarda o‘tkazilgan yarali kolitni davolash sinovi emas. Bu ish LPS bilan qo‘zg‘atilgan RAW264.7 sichqon makrofag hujayralari, DSS bilan hosil qilingan o‘tkir kolit sichqon modeli, transkriptomika, metabolomika, tarmoq tahlili, molekulyar docking va molekulyar dinamika simulyatsiyalarini birlashtirgan preklinik tadqiqotdir.

Hujayra modelida AED LPS keltirib chiqargan yallig‘lanish javobi bilan bog‘liq IL-6, IL-1β va TNF-α ishlab chiqarilishini kamaytirgan; iNOS va COX-2 ko‘payishini bostirgan hamda fosforillangan JAK1 va STAT3 darajalarini pasaytirgan. Biroq tadqiqotchilar JAK1/STAT3 yo‘li sababiy jihatdan isbotlangan deb aytmaydi. Ushbu tadqiqotda JAK1/STAT3 ingibitsiyasi yoki rescue tajribasi o‘tkazilmagani sababli kuzatilgan bog‘liqlik sababiylik emas, mexanizmga mos keluvchi bog‘liqlik sifatida talqin qilinishi kerak.

Sichqon tajribasida 50 ta erkak C57BL/6 sichqon besh guruhga ajratilgan: sog‘lom nazorat, %3 DSS, 300 mg/kg sulfasalazin, 600 mg/kg yuqori dozali AED va 200 mg/kg past dozali AED. DSS yetti kun davomida ichimlik suviga qo‘shilgan, AED yoki sulfasalazin esa kuniga bir marta og‘iz orqali gavage usulida berilgan. Yuqori dozali AED guruhida tana vazni yo‘qotilishining kamayishi, yo‘g‘on ichak qisqarishining qisman oldini olish, gistologik shikastlanishning yengillashishi va yallig‘lanish bilan bog‘liq genlarning pastroq darajada ifodalanishi qayd etilgan. ZO-1, occludin va claudin-1 kabi zich birikma oqsillarining immunogistokimyoviy bo‘yalish naqshida ham DSS guruhiga nisbatan yaxshilanish kuzatilgan.

Omik tahlillarda AED qo‘llanilishi; taurin–gipotaurin metabolizmi, arginin bilan bog‘liq yo‘llar, lipid metabolizmi va boshqa metabolik jarayonlardagi o‘zgarishlar bilan bog‘langan. Tarmoq farmakologiyasi va hisoblash modellashtirishi ACE hamda von Willebrand omilini (VWF) mumkin bo‘lgan nishonlar qatoriga olib chiqqan. Biroq ACE va VWF ushbu tadqiqotda biokimyoviy nishonni tasdiqlash tajribalari bilan isbotlangan mexanizmlar emas; mualliflar ta’kidlaganidek, kelajakda eksperimental ravishda tasdiqlanishi kerak bo‘lgan nomzod nishonlardir.

Tadqiqotning eng muhim talqin chegarasi shundan iborat: AED hujayra va sichqon modellarida kolit bilan bog‘liq ayrim yallig‘lanish, gistologik, to‘siq va metabolik ko‘rsatkichlarning yaxshilanishi bilan bog‘liq topilgan; ammo bu natijalar AED odamlarda yarali kolitni davolashini, dori vositalarining o‘rnini bosa olishini yoki uzoq muddat qo‘llash xavfsizligini isbotlamaydi.

1. Yong‘oq septumi nima?

Yong‘oq mevasining qattiq po‘sti ochilganda mag‘iz bo‘laklarini bir-biridan ajratib turadigan yupqa, yog‘ochsimon parda ko‘rinishidagi ichki bo‘linma mavjud. Ilmiy adabiyotlarda bu tuzilma Diaphragma Juglandis Fructus deb ataladi. Tadqiqotda ishlatilgan DJF Juglans regia L. dan olingan.

DJF oziq-ovqat va yong‘oqni qayta ishlash zanjirida ko‘pincha past qiymatli yon mahsulot sifatida baholanishi mumkin. Tadqiqot yondashuvi ushbu yon mahsulotdan suvda eriydigan tarkibiy qismlarni ajratib olib, ularning biologik xususiyatlarini o‘rganishdan iborat.

2. AED aynan nima?

AED inglizcha aqueous extract of Diaphragma Juglandis Fructus iborasining qisqartmasidir. O‘zbekchada “DJF suvli ekstrakti” yoki “yong‘oq septumining suvli ekstrakti” deb ifodalash mumkin.

AED bitta sof kimyoviy molekula emas. U suvda eriydigan yoki ekstraksiya sharoitida eritmaga o‘tadigan bir nechta kimyoviy komponentlarni o‘z ichiga olgan murakkab ekstraktdir. Shu sababli AEDning biologik ta’sirini bitta molekulaga bog‘lash uchun qo‘shimcha ravishda birikmalarni ajratish va nishonni tasdiqlash tajribalari talab etiladi.

3. Ekstrakt qanday tayyorlangan?

Tadqiqotchilar 1000 g quritilgan DJF materialini mayda kukunga aylantirib, 10 L distillangan suvdan foydalangan. Qattiq/suyuqlik nisbati 1:10 (w/v) qilib belgilangan.

1. 1000 g quritilgan DJF maydalangan.
2. 10 L distillangan suv qo‘shilgan.
3. Suspenziya 25 °C da 2 soat aralashtirilgan.
4. So‘ng 100 °C da 1 soat reflux ekstraksiyasi o‘tkazilgan.
5. Erimaydigan moddalar vakuum filtrlash orqali ajratilgan.
6. Filtrat 40 °C da past bosim ostida taxminan 200 mL gacha kontsentratsiyalangan.
7. Tsentrifugalash amalga oshirilgan.
8. Namuna −70 °C da 6 soat tez muzlatilgan.
9. −50 °C da 48 soat liofilizatsiya qilingan.
10. Quruq AED havo o‘tkazmaydigan to‘q rangli idishlarda 4 °C da saqlangan.

Tadqiqotda ekstraksiya unumdorligi taxminan %9 deb xabar qilingan. Bu nisbat boshlang‘ich quruq materialning hammasi faol birikmalardan iborat degani emas; u faqat ishlatilgan ekstraksiya va quritish jarayonidan keyin olingan quruq ekstrakt miqdorini anglatadi.

4. Kimyoviy profil qanday o‘rganilgan?

AEDning kimyoviy tarkibi mass-spektrometriyaga asoslangan usullar bilan o‘rganilgan. Tadqiqotning usul va natija bo‘limlarida UPLC-MS/MS orqali marker tahlili va LC-QTOF-MS orqali nishonsiz kimyoviy profillash haqida so‘z yuritiladi.

Manbada 31 ta birikma MSI ishonch darajasi 2–3 doirasida taxminiy ravishda annotatsiya qilingan. “Taxminiy annotatsiya” birikmaning spektral xususiyatlari muayyan kimyoviy identifikatsiyaga mos kelishini, biroq barcha birikmalar bir xil darajadagi qat’iy strukturaviy tasdiqqa ega emasligini anglatadi.

Manbada misol sifatida keltirilgan birikmalar orasida:

• quercitrin,
• C17-sphinganine,
• 6-methoxyflavonol,
• succinic acid,
• catechin

bor. Bu ro‘yxat AEDning butun kimyoviy tarkibi faqat shu besh molekuladan iborat degani emas.

5. RAW264.7 hujayralari nega ishlatilgan?

RAW264.7 sichqondan kelib chiqqan makrofag hujayra liniyasidir. Makrofaglar immun tizimida yallig‘lanish signallarini hosil qilish va tartibga solishda ishtirok etadigan hujayralardir.

Tadqiqotda RAW264.7 hujayralari lipopolisaxarid (LPS) bilan qo‘zg‘atilgan. LPS Gram-manfiy bakteriyalarning tashqi membranasining muhim tarkibiy qismi bo‘lib, laboratoriya sharoitida makrofaglarda kuchli yallig‘lanish javobini hosil qilish uchun keng qo‘llanadi.

Shuning uchun bu model “yarali kolit bemorining ichak hujayrasi” emas. Bu nazorat qilinadigan hujayra muhitida yallig‘lanish signalizatsiyasini o‘rganishga mo‘ljallangan soddalashtirilgan makrofag modelidir.

6. Hujayra hayotchanligi tajribasi

RAW264.7 hujayralari har bir quduqqa \(7 \times 10^3\) hujayra zichligida 96 quduqli plastinkalarga ekilgan. AED uchun 0.1, 0.5, 1, 5, 10 va 50 µg/mL konsentratsiyalari 24 soat davomida baholangan.

Hujayra hayotchanligi CCK-8 testi va 450 nm absorbans o‘lchovi bilan tekshirilgan. Asosiy natija matnida AED 10 µg/mL dan past konsentratsiyalarda sitotoksiklik ko‘rsatmagani aytiladi. Keyingi asosiy yallig‘lanish tajribalari ayniqsa 1, 5 va 10 µg/mL konsentratsiyalariga qaratilgan.

7. NO, IL-6, IL-1β va TNF-α nima uchun o‘lchangan?

Azot oksidi (NO) yallig‘lanish vaqtida iNOS fermenti orqali yuqori miqdorda hosil bo‘lishi mumkin bo‘lgan kichik signal molekulasidir. Tadqiqotda NO bevosita gaz sifatida emas, balki hujayra madaniyati supernatantidagi nitrit orqali Griess usuli bilan baholangan.

IL-6, IL-1β va TNF-α esa yallig‘lanish javobining muhim sitokinlaridir. Hujayra madaniyati supernatantidagi konsentratsiyalari ELISA yordamida o‘lchangan.

Hujayralar AED bilan 1 soat oldindan ishlov berilgandan keyin 100 ng/mL LPS bilan 24 soat qo‘zg‘atilgan. LPS sitokin ishlab chiqarilishini oshirgan, AED esa manba tadqiqotda ushbu oshishni kamaytirgan.

8. iNOS va COX-2 nima?

iNOS induksiyalanuvchi azot oksidi sintazasidir. Yallig‘lanish stimullari ostida yuqori darajada NO sinteziga hissa qo‘shishi mumkin.

COX-2 siklooksigenaza-2 fermenti bo‘lib, yallig‘lanish paytida prostanoid sintezi bilan bog‘liq ravishda ortishi mumkin.

Tadqiqotda Western blot tahlili LPS iNOS va COX-2 oqsil darajalarini oshirganini; AED qo‘llanilishi esa LPSga bog‘liq ushbu oshishni kamaytirganini ko‘rsatgan.

9. JAK1/STAT3 signal yo‘li nima?

JAK1 Janus kinase 1; STAT3 esa signal transducer and activator of transcription 3 deb ataladigan signal oqsilidir. JAK oqsillarining faollashuvi ayrim STAT oqsillarining fosforillanishini rag‘batlantirishi mumkin; fosforillangan STAT oqsillari keyinchalik gen ifodasini boshqaruvchi signal jarayonlarida ishtirok etishi mumkin.

Tadqiqotda umumiy JAK1 va STAT3 hamda ularning fosforillangan shakllari alohida o‘rganilgan. LPS p-JAK1 va p-STAT3 darajalarini oshirgan, ammo umumiy JAK1 va STAT3 darajalarida shunga o‘xshash aniq oshish qayd etilmagan.

AED p-JAK1/JAK1 va p-STAT3/STAT3 nisbatlarini LPS guruhiga nisbatan pasaytirgan. Eng yaqqol bostirilish manbada 5 µg/mL atrofida qayd etilgan.

JAK1/STAT3 AEDning kolitga ta’sirining isbotlangan sababimi?

Yo‘q. Tadqiqot JAK1/STAT3 fosforillanishi bilan AED qo‘llanilishi o‘rtasida eksperimental bog‘liqlikni ko‘rsatadi; biroq tadqiqotchilar yo‘lga xos ingibitsiya yoki rescue tajribalarini o‘tkazmaganlari sababli JAK1/STAT3 AED ta’sirining zarur sababiy mexanizmi ekanini isbotlamagan. Shu sababli to‘g‘ri ifoda “AED ta’siri JAK1/STAT3 signalining kamayishi bilan bog‘liq edi” shaklidadir.

10. DSS sichqon modeli nima?

Dekstran sulfat natriy (DSS) tajriba hayvonlarida yo‘g‘on ichak epiteliy shikastlanishi va yallig‘lanishni hosil qilib, o‘tkir kolit modelini yaratish uchun ishlatiladigan kimyoviy moddadir.

DSS modeli insondagi yarali kolit biologiyasining barcha jihatlarini qayta yaratmaydi. Bu inson kasalligining ayrim yallig‘lanish, epitelial va gistopatologik xususiyatlarini o‘rganishga xizmat qiladigan eksperimental modeldir.

11. Sichqon tajribasining dizayni

Tadqiqotga 6–8 haftalik, vazni 18–20 g bo‘lgan jami 50 ta erkak C57BL/6 sichqon kiritilgan. Sichqonlar tasodifiy ravishda besh guruhga ajratilgan va har bir guruhda 10 ta sichqon bo‘lgan.

DSS ichimlik suvida yetti kun berilgan; SASP yoki AED kuniga bir marta og‘iz orqali gavage bilan qo‘llangan. Har bir guruhdagi 10 ta sichqon ikkita alohida qafasda, har qafasda 5 tadan sichqon tarzida saqlangan.

Tadqiqotda natijalarni baholash va ma’lumotlarni tahlil qilish guruh taqsimotidan imkon qadar xabarsiz holda amalga oshirilgani ko‘rsatilgan. Tajriba davomida kutilmagan noxush hodisa yuz bermagan va hech bir hayvonga muddatidan oldin evtanaziya zarur bo‘lmagan.

12. DAI nima?

Disease Activity Index (DAI) DSS kolit tajribasida kasallik og‘irligini kuzatish uchun tana vazni yo‘qotilishi, najas konsistensiyasi va najasdagi qon kabi ko‘rsatkichlarni birgalikda ishlatadigan baholash yondashuvidir.

Manbada tana vazni yo‘qotilishi quyidagicha ballangan:

• 0: yo‘qotish yo‘q,
• 1: %1–5,
• 2: %5–10,
• 3: %10–20,
• 4: %20 dan ortiq.

Najas konsistensiyasi:

• 0: normal,
• 1: yumshoq,
• 2: diareya.

Najasdagi qon:

• 0: yo‘q,
• 1: iz miqdorida,
• 2: o‘rtacha,
• 3: og‘ir.

Biroq bu yerda juda muhim eksperimental tafsilot bor. Tana vazni har bir sichqon uchun alohida o‘lchangan bo‘lsa-da, najas konsistensiyasi va najasdagi qon najasni alohida sichqonlarga tegishli deb ajratib bo‘lmagani uchun qafas darajasida baholangan. Shu sababli DAI tahlilida eksperimental birlik sichqon emas, qafas hisoblanadi va har bir guruh uchun atigi n = 2 qafas mavjud.

Manbaning 2-rasm izohi DAI natijalarini “descriptive”, ya’ni tavsiflovchi tarzda taqdim etadi. Shu sababli DAI egri chizig‘ini kuchli individual-hayvon statistik dalili sifatida talqin qilish to‘g‘ri emas.

13. Sichqonlarda nimalar kuzatilgan?

DSS guruhida tajriba davomida progressiv tana vazni yo‘qotilishi kuzatilgan. AED va sulfasalazin qo‘llanilishi manba tadqiqotda 4. kundan 7. kungacha vazn yo‘qotilishining kamayishi bilan bog‘langan.

DSS shuningdek yo‘g‘on ichakning qisqarishiga olib kelgan. Davolash guruhlarida yo‘g‘on ichak qisqarishining qisman oldi olingani va eng yaqqol himoya 600 mg/kg yuqori dozali AED guruhida kuzatilgani qayd etilgan.

Gistologik baholashda DSS guruhida shilliq qavat shishi, kripta arxitekturasining buzilishi va yallig‘lanish hujayralari infiltratsiyasi kuzatilgan. AED va sulfasalazin guruhlarida yallig‘lanish infiltratsiyasi kamaygani va shilliq qavat tuzilishi DSS guruhiga nisbatan yaxshiroq saqlangani bildirilgan.

Ushbu gistologik natijalar haqiqiy to‘qima tasvirlariga asoslanganligi sababli Verianla ichida sun’iy “gistologiya fotosurati” yaratilmagan.

14. Yo‘g‘on ichak to‘qimasidagi yallig‘lanish genlari

Yo‘g‘on ichak to‘qimasida iNOS, IL-6, IL-1β va TNF-α mRNA darajalari RT-qPCR bilan o‘lchangan. DSS ushbu to‘rt transkript darajasini nazorat guruhiga nisbatan oshirgan.

SASP va AED qo‘llanilishi DSSga bog‘liq oshishni kamaytirgan; manbada eng yaqqol bostirilish yuqori dozali AED guruhida kuzatilgani bildirilgan.

RT-qPCR genning mRNA darajasini o‘lchaydi. mRNAning kamayishi tegishli oqsil ham aynan shu nisbatda kamayishini o‘z-o‘zidan kafolatlamaydi; transkripsiyadan keyingi boshqaruv va oqsil parchalanishi kabi jarayonlar ham ta’sir ko‘rsatishi mumkin.

15. ZO-1, occludin va claudin-1 nima uchun muhim?

Ichak epiteliy hujayralari orasidagi zich birikmalar (tight junctions) hujayralararo o‘tishni cheklovchi to‘siq tuzilmasining muhim qismlaridir.

Tadqiqotda uchta birikma oqsili immunogistokimyo orqali baholangan:

• ZO-1: birikma kompleksini hujayra ichki skeleti va membrana oqsillari bilan tashkil etishda ishtirok etuvchi adaptor oqsil,
• Occludin: zich birikmaning transmembran komponentlaridan biri,
• Claudin-1: parasellyulyar to‘siq xususiyatlarini belgilashga hissa qo‘shuvchi claudin oilasi oqsili.

DSS guruhiga nisbatan SASP va AED guruhlarida birikma hududlaridagi bo‘yalish intensivligi va uzluksizligi oshgani bildirilgan.

Bu yerda muhim o‘lchov chegarasi mavjud: manba immunogistokimyoviy tasvirlardan o‘rtacha optik zichlik baholarini taqdim etsa-da, bularni bevosita mutlaq oqsil konsentratsiyasini o‘lchash sifatida ishlatmaganini aniq aytadi. Shu sababli “oqsil miqdori aniq shuncha oshdi” degan xulosa chiqarib bo‘lmaydi.

Ushbu tadqiqotdagi AED ta’siri odamlarda yarali kolitni davolashning dalilimi?

Yo‘q. Tadqiqot RAW264.7 hujayralari va DSS bilan yaratilgan sichqon kolit modelidan olingan preklinik dalillarni taqdim etadi. Odam bemorlarda klinik javob, remissiya darajasi, xavfsiz doza, dori o‘zaro ta’siri, gastrointestinal biofoydalanish yoki uzoq muddatli xavfsizlik baholanmagan. Natijalarni inson davolashiga bevosita ko‘chirish mumkin emas.

Tadqiqot Usuli va Natijalari

16. Transkriptomik tahlil

Distal yo‘g‘on ichak to‘qimasidan RNA ajratilgan, RNA sifati A260/280 = 1.9–2.1 oralig‘ida tasdiqlangan. Poly(A)+ kutubxonalari tayyorlangan va Illumina NovaSeq platformasida 150 baza juftlik paired-end sekvenslash amalga oshirilgan.

Sekvenslash o‘qishlari sifat filtridan o‘tkazilgan va sichqon genomi GRCm39, Ensembl 104 versiyasiga STAR v2.7.10a yordamida moslashtirilgan.

Gen sanog‘i featureCounts v2.0.3 bilan hosil qilingan, differensial gen ifodasi DESeq2 yordamida tahlil qilingan.

17. Log2 fold change nima?

Fold change gen ifodasining ikki sharoit o‘rtasidagi nisbatini ko‘rsatadi. Logarifmik ko‘rinish ayniqsa oshish va kamayishni muvozanatliroq miqyosda taqqoslash imkonini beradi.

Masalan:

• log2 FC = +1 → taxminan 2 baravar oshish,
• log2 FC = −1 → taxminan yarmiga kamayish,
• log2 FC = 0 → nisbat nuqtai nazaridan o‘zgarish yo‘q

degan ma’noni anglatadi.

Manbaning usul bo‘limida differensial ifodalangan genlar uchun:

\[ |\log_2 FC| \geq 1.5 \]

va

\[ p_{\mathrm{adjusted}} < 0.05 \]

chegaralari berilgan.

Biroq manba 5-rasm izohida DEG ta’rifi |\(\log_2\)(fold change)| ≥ 1.0 va adjusted p < 0.05 deb yozilgan. Bu ikki chegara manba ichida farq qiladi. Verianla bu farqni yashirin ravishda bitta qiymatga aylantirmaydi.

18. Tuzatilgan p qiymati va FDR nima uchun ishlatiladi?

Minglab genlar bir vaqtning o‘zida tekshirilganda faqat p < 0.05 ishlatilsa, tasodifan ahamiyatli ko‘rinadigan ko‘plab genlar chiqishi mumkin. Shu sababli tadqiqotchilar Benjamini–Hochberg usuli bilan noto‘g‘ri kashf etish darajasini, ya’ni false discovery rate (FDR) nazorat qilgan.

Manbada differensial gen tahlili uchun FDR < 0.05 va funksional boyitish tahlillari uchun q < 0.05 ishlatilgan.

Manba shuningdek log2 fold change uchun %95 ishonch oralig‘ini quyidagi tuzilma bilan beradi:

\[ 95\%\,GA = \log_2 FC \pm 1.96 \times SE \]

Bu yerda SE standart xatodir. 1.96 koeffitsienti qo‘llanilgan normal yaqinlashuvda taxminan %95 ikki tomonlama ishonch oralig‘ini hosil qilish uchun ishlatiladi.

19. Transkriptomik natijalar

DSS ta’siri nazorat guruhiga nisbatan jami 125 differensial gen bilan bog‘langan:

• 51 gen yuqori regulyatsiya qilingan,
• 74 gen past regulyatsiya qilingan.

HAED bilan bog‘liq boshqa transkriptomik taqqoslashda jami 563 DEG qayd etilgan:

• 294 yuqori regulyatsiya qilingan,
• 269 past regulyatsiya qilingan.

Manba matnida ushbu ikkinchi taqqoslashning referens guruhi ifodalanishi bilan 5-rasmdagi “subsequent AED treatment” taqdimoti to‘liq ravshan bitta yorliq ostida berilmaganligi sababli Verianla 563 sonini manbada bo‘lmagan aniq taqqoslash nomi bilan qayta belgilamaydi.

Funksional boyitish tahlillari yallig‘lanish, hujayradan tashqari matriks va tashish jarayonlari bilan bog‘liq yo‘nalishlarni ajratib ko‘rsatgan. LOX, P4HA1, MMP2 va MMP9 kabi matriks qayta tuzilishi bilan bog‘liq transkriptlarda o‘zgarishlar qayd etilgan.

20. Nomzod nishonlar qanday aniqlangan?

Tadqiqotchilar transkriptomik natijalarni AEDda aniqlangan kichik molekulalar uchun nishon bashoratlari bilan birlashtirgan.

PharmMapper, SwissTargetPrediction va SEA ma’lumotlar bazalaridan foydalanilgan; kamida ikki bashorat manbai tomonidan qo‘llab-quvvatlangan nishonlar saqlab qolingan.

Ushbu integratsiyada 553 ta taxminiy AED-bilan o‘zaro ta’sirlashuvchi gen aniqlangan va ulardan 22 tasi AED bilan bog‘liq yuqori regulyatsiya qilingan DEG to‘plami bilan kesishgan.

Oqsil–oqsil o‘zaro ta’sir tarmog‘i tahlilida ACE, APOB, IGF1 va VWF yuqori bog‘langan tugunlar qatorida bo‘lgan.

Biroq “tarmoqda yuqori bog‘langan” bo‘lish molekula haqiqatan ham AEDning biologik ta’sirini tashuvchi majburiy nishon ekanini isbotlamaydi.

21. ACE va VWF nimani anglatadi?

ACE, angiotensin-converting enzyme, turli peptidlarni qayta ishlashda ishtirok etuvchi fermentdir.

VWF, von Willebrand factor, ayniqsa gemostaz va tomir biologiyasi bilan bog‘liq yirik glikoproteindir.

Ushbu tadqiqotda ACE va VWF bevosita biokimyoviy nishonni tasdiqlash tajribalari bilan isbotlanmagan. Ular tarmoq tahlili, adabiyotga asoslangan nishon bashorati va molekulyar docking natijasida kelgusida tekshirilishi kerak bo‘lgan nomzod nishonlar sifatida tanlangan.

22. Molekulyar docking qanday bajarilgan?

ACE uchun PDB: 3L3N, VWF uchun PDB: 3HXQ kristall tuzilmalari ishlatilgan. Oqsil tuzilmalari UCSF Chimera v1.17 yordamida tayyorlangan; oqsilga tegishli bo‘lmagan komponentlar olib tashlangan va vodorodlar qo‘shilgan.

Ligand tuzilmalari PubChemdan olingan, MMFF94 bilan optimallashtirilgan va Open Babel v3.1.1 yordamida PDBQT formatiga o‘tkazilgan.

Docking AutoDock 4.2.6 yordamida amalga oshirilgan. Har bir ligand uchun Lamarckian Genetic Algorithm yordamida 50 docking ishga tushirish bajarilgan va eng past bashorat qilingan bog‘lanish energiyasiga ega konformatsiya o‘zaro ta’sir tahlili uchun tanlangan.

Ayrim ligand–nishon juftlarida hisoblangan docking skori −10 kcal/mol dan past ekani qayd etilgan.

Lancerotoxin A va C17-Sphinganine ACE bilan o‘zaro ta’sirlarini batafsil vizuallashtirish uchun vakil birikmalar sifatida tanlangan.

Docking skori eksperimental bog‘lanish konstantasi emas. Ko‘proq manfiy skor ishlatilgan modelning energiya funksiyasida qulayroq poza bashorat qilinganini bildiradi; u haqiqiy hujayraviy nishonga bog‘lanishni o‘z-o‘zidan isbotlamaydi.

23. Molekulyar dinamika simulyatsiyasi

Molekulyar dinamika simulyatsiyalari GROMACS v2023.2 yordamida bajarilgan.

RMSD tuzilmaning referens konformatsiyadan umumiy geometrik og‘ishini baholashga yordam beradi.

RMSF alohida aminokislota qoldiqlarining simulyatsiya davomida qanchalik harakatchanligini baholaydi.

Rg yoki radius of gyration molekulyar tuzilmaning massa markaziga nisbatan qanchalik ixcham taqsimlanganini ifodalovchi kattalikdir.

Vodorod bog‘i bandligi muayyan vodorod bog‘i mezoni trayektoriyaning qancha qismida bajarilganini ifodalaydi.

ACE–Lancerotoxin A va ACE–C17-Sphinganine komplekslari 200 ns simulyatsiyada ACE bilan bog‘liq holda qolgan. Manba Lancerotoxin A kompleksi C17-Sphinganine kompleksiga nisbatan kamroq strukturaviy tebranish va barqarorroq vodorod bog‘larini ko‘rsatganini bildiradi.

Bu Lancerotoxin A tirik organizmda ACE ni tasdiqlangan tarzda ingibitsiya qiladi degani emas. Bu simulyatsiya boshlang‘ich tuzilmalari va kuch maydoni sharoitida hisoblangan molekulyar xatti-harakatni ifodalaydi.

24. MM/PBSA va alanin skanerlash

Manbada MM/PBSA yondashuvi molekulyar dinamika trayektoriyalaridan ligand–oqsil o‘zaro ta’sirining hisoblash energiyasi komponentlarini baholash uchun ishlatilgan.

MM/PBSA qisqartmasi odatda Molecular Mechanics / Poisson–Boltzmann Surface Area yondashuvini anglatadi.

Hisoblash alanin skanerlashida ayrim aminokislota yon zanjirlari model ichida alanin bilan almashtirilib, bog‘lanish energiyasidagi bashorat qilingan o‘zgarish tekshiriladi. Maqsad bog‘lanishga ko‘proq hissa qo‘shishi mumkin bo‘lgan “hot-spot” qoldiqlarni aniqlashdir.

Manbada ikki kompleks uchun umumiy nomzod hot-spot qoldiqlar sifatida:

• Trp357,
• Ser355,
• Val518,
• Glu143

keltirilgan. Ular orasida Trp357 alanin almashtirishdan keyin eng katta bashorat qilingan destabilizatsiya ta’sirini ko‘rsatgani bildirilgan.

Bu qoldiqlar eksperimental mutagenez bilan tasdiqlanmagani sababli “ACEning AED uchun aniq bog‘lanish nuqtalari” deb taqdim etilmasligi kerak.

25. Metabolomik tahlil

Yo‘g‘on ichak namunalari uchun nishonsiz LC-MS metabolomik tahlili o‘tkazilgan. Sifat nazorati namunalari muntazam intervallarda yuborilgan; QC nisbiy standart og‘ishi %30 dan yuqori bo‘lgan yoki blank namunalarda aniqlangan xususiyatlar chiqarib tashlangan.

Ma’lumotlar:

1. normallashtirilgan,
2. \(\log_2\) o‘zgartirishiga uchratilgan,
3. Pareto masshtablash qo‘llangan.

Manbada differensial metabolit tanlash uchun FDR bilan tuzatilgan q < 0.05 yondashuvi tushuntirilgan, natijalar bo‘limida esa qo‘shimcha ravishda VIP > 1 va p < 0.05 mezonlari bilan 39 metabolitlik to‘plam qayd etilgan.

26. PCA va PLS-DA o‘rtasidagi farq

PCA, principal component analysis, guruh yorliqlaridan majburiy foydalanmasdan ma’lumotlardagi eng katta variatsiya yo‘nalishlarini umumlashtiradigan nazoratsiz o‘lchamni kamaytirish usulidir.

PLS-DA, partial least squares discriminant analysis, ma’lum sinf yorliqlaridan foydalanib guruhlar o‘rtasidagi ajralishni ajratib ko‘rsatadigan nazoratli usuldir.

Tadqiqotda PCA grafigida DSS va nazorat guruhlari ajralgan; AED guruhi bu ikki guruh o‘rtasida oraliq holatni ko‘rsatgan. PLS-DA ham DSS va nazorat metabolik profillarini ajratgan.

PLS-DA nazoratli usul bo‘lgani sababli modelning vizual jihatdan yaxshi ajralish ko‘rsatishi o‘z-o‘zidan biologik aniqlikni anglatmaydi. Shu bois manba modelning mustahkamligini kross-validatsiya va permutatsiya testi orqali baholaganini bildiradi.

27. Metabolomik natijalar

Jami 39 metabolit skrining mezonlariga javob bergan va ulardan 36 tasi Nazorat–DSS–AED ketma-ketligida “past–yuqori–past” yoki “yuqori–past–yuqori” yo‘nalishli naqshni ko‘rsatgan.

KEGG boyitish tahlilida ajralib chiqqan yo‘llar orasida:

• taurin–gipotaurin metabolizmi,
• arginin–prolin metabolizmi,
• steroid gormon biosintezi,
• glutation metabolizmi,
• azot metabolizmi

bo‘lgan.

Gipotaurin DSS guruhida kamaygan va AEDdan keyin ko‘tarilgan. Sperminning DSS guruhidagi oshishi AED guruhida susaygan.

Turli efir glitserofosfolipidlari, LPI/LPC turlari, phytosphingosine, eikosanoid hosilalari va steroid gormonlarda ham AED bilan bog‘liq yo‘nalishli o‘zgarishlar qayd etilgan.

Ushbu natijalar metabolik yo‘llar AED ta’siri bilan bog‘liq ekanini ko‘rsatadi; ular alohida metabolit AEDning himoya ta’sirining sababi ekanini o‘z-o‘zidan isbotlamaydi.

28. Gen–metabolit korrelyatsiya tarmog‘i

Tadqiqotda DSS guruhining transkriptom va metabolom ma’lumotlarini bog‘lash maqsadida ikki qismli, yo‘nalishsiz korrelyatsiya tarmog‘i tuzilgan.

Gen va metabolit o‘rtasida qirra hosil qilish uchun:

\[ |\rho| > 0.7 \]

va

\[ p < 0.05 \]

shartlari ishlatilgan.

Bu yerda \(\rho\) Spearman tartib korrelyatsiya koeffitsientidir.

Hosil qilingan tarmoq:

• 48 tugun,
• 63 qirra

dan iborat bo‘lgan va bog‘lanishlarning %65 i ijobiy korrelyatsiyalardan tashkil topgan.

29. Hub centrality skori

Manbada tugun markaziyligi quyidagi formula bilan birlashtirilgan:

\[ H=C_D+C_B \]

Bu yerda:

• \(H\): birlashtirilgan hub centrality skori,
• \(C_D\): degree centrality,
• \(C_B\): betweenness centrality

deb ta’riflangan.

Degree centrality tugunning tarmoqda nechta kuchli bog‘lanishga ega ekanligi bilan; betweenness centrality esa tarmoqdagi boshqa tugunlar orasidagi yo‘llarda qanchalik oraliq bog‘lovchi pozitsiyada ekanligi bilan bog‘liq.

\(H\) qiymatlari barcha tugunlarning %70 lik percentil chegarasidan yuqori bo‘lgan tugunlar “hub” deb belgilangan.

L-hydroxyproline va dehydroepiandrosterone (DHEA) muhim metabolik hublar; Creb3l3 esa eng markaziy gen tuguni sifatida qayd etilgan.

Markaziylik biologik majburiylikni anglatmaydi. Tarmoq tugunining yuqori markaziylik ko‘rsatishi uning kasallikning aniq sababi yoki davolash nishoni ekanini o‘z-o‘zidan isbotlamaydi.

30. SVD asosidagi ko‘p omikli tahlil

Tadqiqotchilar transkriptom va metabolom o‘rtasidagi yuqori darajadagi umumiy variatsiya naqshlarini o‘rganish uchun singular value decomposition (SVD) dan foydalangan.

Metabolomdan VIP skoriga ko‘ra tanlangan dastlabki 50 metabolit uchun:

\[ \log_2(x+1) \]

o‘zgartirish qo‘llangan.

\(+1\) qo‘shishning matematik maqsadi nol qiymatlarda logarifmning aniqlanmagan bo‘lishining oldini olishdir.

Metabolit xususiyatlari keyin har bir xususiyat uchun z-score bilan normallashtirilgan. Xuddi shu tarzda transkriptomdan tanlangan dastlabki 50 DEG normallashtirilgan.

Ikki matritsaning har biri:

\[ 5\ \text{örnek} \times 50\ \text{özellik} \]

o‘lchamidadir.

Ular gorizontal ravishda birlashtirilib:

\[ 5 \times 100 \]

o‘lchamli integratsiyalangan matritsa hosil qilingan.

Standart SVDning o‘rgatuvchi matematik ko‘rinishi tadqiqotning yangi natijasi emas, balki usulning asosidir:

\[ X \approx U\Sigma V^T \]

Bu yerda \(X\) integratsiyalangan ma’lumot matritsasini, \(U\) namuna fazosidagi komponentlarni, \(\Sigma\) singulyar qiymatlarni va \(V^T\) xususiyatlarning komponentlarga qo‘shgan hissasi tuzilishini ifodalaydi.

Tadqiqotda scikit-learn TruncatedSVD bilan:

• n_components = 3,
• random_state = 42

ishlatilgan.

Factor 2 umumiy variatsiyaning %48.7 ini tushuntirgan. Slc9a3 (NHE3) va Retnlb yuqori loading qiymatlarini ko‘rsatgan va DHAni o‘z ichiga olgan uzun zanjirli ko‘p to‘yinmagan yog‘ kislotalari bilan birga o‘zgarish ko‘rsatgan.

Ushbu SVD tahlilining integratsiyalangan matritsasi atigi beshta namunaga asoslangani sababli natijalar keng populyatsiya modeli sifatida emas, balki izlanish xarakteridagi umumiy variatsiya tuzilishi sifatida talqin qilinishi kerak.

31. Statistik tahlil

Asosiy statistik tahlillar GraphPad Prism 9.5.1 yordamida bajarilgan.

Manbada:

• normal taqsimotni tekshirish uchun Shapiro–Wilk testi,
• dispersiya bir xilligini tekshirish uchun Levene testi,
• ko‘p guruhli taqqoslashlar uchun one-way ANOVA,
• bir xil dispersiyada Tukey post hoc testi,
• teng bo‘lmagan dispersiyada Dunnett T3 testi,
• vaqtni o‘z ichiga olgan tana vazni baholashida two-way repeated-measures ANOVA

ishlatilgani qayd etilgan.

Ikki tomonlama ahamiyatlilik chegarasi p < 0.05 deb belgilangan.

Usul bo‘limida DAI uchun repeated-measures ANOVA ham tilga olingan bo‘lsa-da, eksperimental birlik qafas bo‘lgani va har guruhda atigi n = 2 qafas mavjudligi sababli manba 2-rasm DAI ni tavsiflovchi tarzda taqdim etadi. Shu bois Verianla bahosida DAI uchun kuchli inferensial da’vo qilinmaydi.

32. Tadqiqot qo‘llab-quvvatlaydigan xulosalar

• AED LPS bilan qo‘zg‘atilgan RAW264.7 hujayralarida proyallig‘lanish sitokinlari ishlab chiqarilishining kamayishi bilan bog‘liq.
• AED hujayra modelida iNOS va COX-2 oshishining kamayishi bilan bog‘liq.
• AED p-JAK1/JAK1 va p-STAT3/STAT3 nisbatlarining kamayishi bilan bog‘liq.
• 600 va 200 mg/kg AED DSS sichqon modelida kolit bilan bog‘liq ayrim klinik va gistologik ko‘rsatkichlarning yaxshilanishi bilan bog‘langan.
• Yuqori dozali AED guruhida yo‘g‘on ichak uzunligi DSS guruhiga nisbatan yaxshiroq saqlangani qayd etilgan.
• Yo‘g‘on ichak to‘qimasida iNOS, IL-6, IL-1β va TNF-α mRNA oshishlari AED bilan kamaygan.
• ZO-1, occludin va claudin-1 ning immunogistokimyoviy birikma naqshida yaxshilanish kuzatilgan.
• Transkriptomik va metabolomik natijalar AED qo‘llanilishi yallig‘lanish, transport va metabolik yo‘llar bilan bog‘liq o‘zgarishlar bilan birga kechishini ko‘rsatgan.
• Taurin–gipotaurin va arginin bilan bog‘liq metabolik yo‘llar muhim nomzod mexanizm sohalari sifatida ajralib chiqqan.
• ACE va VWF hisoblash tahlili uchun nomzod nishonlar sifatida aniqlangan.
• Lancerotoxin A va C17-Sphinganine ACE bilan potensial o‘zaro ta’siri jihatidan hisoblash usullari bilan batafsil o‘rganilgan.

33. Tadqiqot qo‘llab-quvvatlamaydigan xulosalar

• AED odamlarda yarali kolitni davolashi ko‘rsatilmagan.
• AED retseptli dori vositalari o‘rnida ishlatilishi mumkinligi ko‘rsatilmagan.
• 200 yoki 600 mg/kg sichqon dozalarini inson dozasi deb bo‘lmaydi.
• JAK1/STAT3 yo‘li AED ta’sirining aniq sababiy mexanizmi ekani isbotlanmagan.
• ACE yoki VWF AEDning tasdiqlangan bevosita biologik nishoni ekani isbotlanmagan.
• Docking yoki MD natijalari hujayra ichidagi haqiqiy bog‘lanishni o‘z-o‘zidan tasdiqlamaydi.
• Metabolomik korrelyatsiyalar metabolitlar himoya ta’sirining bevosita sababi ekanini isbotlamaydi.
• Tadqiqot ichak mikrobiotasini bevosita sekvenslamagan.
• Ichak o‘tkazuvchanligi bevosita funksional permeabilitet testi bilan o‘lchanmagan.
• Faqat erkak sichqonlar ishlatilgani sababli ayol/erkak biologik farqlari baholanmagan.
• Uzoq muddatli foydalanish va toksiklik baholanmagan.
• Odamdagi biofoydalanish va farmakokinetika o‘lchanmagan.

34. Tadqiqotning kuchli ilmiy jihati

Tadqiqotning muhim jihatlaridan biri bitta biologik o‘lchovga tayanmasligidir. Hujayra madaniyati, hayvon fenotipi, gistologiya, gen ifodasi, immunogistokimyo, transkriptomika, metabolomika, tarmoq tahlili va hisoblash strukturaviy tahlili bir xil tadqiqot doirasida ko‘rib chiqilgan.

Ushbu ko‘p qatlamli yondashuv bir xil biologik hodisa turli o‘lchov darajalarida qo‘llab-quvvatlanadimi-yo‘qmi, shuni ko‘rishga yordam beradi.

Biroq turli ma’lumot qatlamlarining bir xil yo‘nalishda ko‘rinishi avtomatik ravishda sababiylikni yaratmaydi. Ayniqsa yo‘l, metabolit va nomzod nishon natijalarida funksional aralashuv tajribalari talab etiladi.

35. Kelajakdagi tadqiqotlarda nima kerak?

Mualliflar kelajakda klinik jihatdan ma’noliroq modellardan foydalanishni taklif qiladi. Bunga insonlashtirilgan hayvon modellari va ichak organoidlari misol sifatida keltirilgan.

Bundan tashqari:

• JAK1/STAT3 va boshqa nomzod yo‘llar uchun ingibitsiya/rescue tajribalari,
• ACE va VWF uchun bevosita nishonni tasdiqlash,
• faol birikmalarni ajratish,
• uzoq muddat qo‘llash va xavfsizlikni baholash,
• oziq-ovqat matritsasidagi xatti-harakatni o‘rganish,
• odamlarga o‘tishdan oldin farmakokinetik va biofoydalanish tadqiqotlari,
• tegishli klinik tadqiqotlar

talab qilinadi.

Manba va Usul Haqida Izoh

Asl sarlavha: Walnut Septum-Derived Aqueous Extract Alleviates Colitis Through Modulation of Gut Metabolism and Inflammatory Signaling

Mualliflar: Beier Jiang, Yu Wan, Lina Liu, Jiajun Cheng, Tianjiao Min, Xinlong Gao, Zicheng Yu, Li Ma va Ying He.

Teng hissa: Beier Jiang va Yu Wan.

Mas’ul mualliflar: Li Ma va Ying He.

Muassasalar: Navy Medical Centre, Naval Medical University, Shanghai 200433, China; College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China.

Jurnal: Foods.

Nashriyot: MDPI.

Bibliografik qayd: Foods 2026, 15(11), 1866.

DOI: 10.3390/foods15111866.

Topshirilgan sana: 10 Mart 2026.

Qayta ko‘rib chiqilgan sana: 30 Aprel 2026.

Qabul qilingan sana: 18 May 2026.

Nashr sanasi: 25 May 2026.

Rasmiy havola: https://doi.org/10.3390/foods15111866

Manba turi: Taqrizdan o‘tgan ilmiy jurnalda chop etilgan original tadqiqot maqolasi; hujayra, hayvon va hisoblash tahlillarini birlashtirgan preklinik tadqiqot.

Preprint holati: Taqdim etilgan manba chop etilgan Version of Record maqolasidir. Manba PDF ichida alohida preprint versiyasi ko‘rsatilmagan.

Litsenziya: Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0).

Moliyalashtirish: National Natural Science Foundation of China, loyiha raqami 82504587.

Etik tasdiq: Hayvon tajribalari PLA Naval Medical Center Animal Experiments Committee tomonidan tasdiqlangan. Tasdiq raqami 2025H007.

Inson ishtirokchisi: Yo‘q; informed consent qo‘llanilmaydi.

Ma’lumotlar mavjudligi: Mualliflar original hissa va ma’lumotlar maqola hamda qo‘shimcha materiallarda mavjudligini, qo‘shimcha ma’lumot so‘rovlari mas’ul mualliflarga yo‘naltirilishi mumkinligini bildirgan.

Manfaatlar to‘qnashuvi: Mualliflar manfaatlar to‘qnashuvini bildirmagan.

Muallif hissalari: Beier Jiang, Ying He va Lina Liu tadqiqotni konseptuallashtirish va dizayniga; Yu Wan va Jiajun Cheng eksperimental ma’lumotlarni tahlil qilish va talqin etishga; Tianjiao Min, Zicheng Yu va Xinlong Gao biologik tajribalar va ma’lumotlar tahliliga hissa qo‘shgan. Beier Jiang va Yu Wan dastlabki qo‘lyozmani yozgan; Li Ma va Ying He ilmiy mazmun bo‘yicha tanqidiy qayta ko‘rib chiqish olib borgan.

Manbadagi muhim model ifodasi: Maqola abstraktida 10 µg/mL AED iborasi xato ravishda DSS sichqon modeli jumlasi ichida ko‘rinadi. Usul va natija bo‘limlari 10 µg/mL darajasi RAW264.7 hujayra tajribasiga tegishli ekanini; sichqon dozalarining 200 va 600 mg/kg ekanini aniq ko‘rsatadi. Verianla bayonida usul va natija bo‘limlaridagi tajriba tuzilishi asos qilib olingan.

Transkriptomik chegara izohi: Usul bo‘limida DEG mezoni |log2 FC| ≥ 1.5 va adjusted p < 0.05 sifatida, 5-rasm izohida esa |log2(fold change)| ≥ 1.0 va adjusted p < 0.05 sifatida yozilgan. Ushbu manba ichidagi farq hal qilingandek ko‘rsatilmagan.

DAI izohi: Najas konsistensiyasi va najasdagi qon alohida hayvonlarga biriktirib bo‘lmagani sababli DAI uchun eksperimental birlik qafasdir va har guruhda faqat ikki qafas mavjud. Manbaning 2-rasm izohi DAI ni tavsiflovchi tarzda taqdim etadi.

Zich birikma oqsillari izohi: ZO-1, occludin va claudin-1 immunogistokimyo bilan baholangan va tasvirlarda o‘rtacha optik zichlik taqqoslashlari qilingan. Biroq manba mualliflari mutlaq oqsil ekspressiyasi miqdoriy ravishda o‘lchanmaganini alohida ta’kidlaydi. Shu sababli IHC natijasi bevosita mutlaq oqsil miqdori sifatida taqdim etilmagan.

Sababiylik izohi: JAK1/STAT3 yo‘li ingibitsiyasi yoki rescue tajribasi o‘tkazilmagani sababli bu yo‘l AED ta’sirining aniq sababi ekani ko‘rsatilmagan. Transkriptom–metabolom bog‘lanishlari ham sababiy metabolizm–JAK1/STAT3–to‘siq o‘qini o‘z-o‘zidan isbotlamaydi.

ACE/VWF izohi: ACE va VWF tarmoq tahlili va hisoblash skriningida aniqlangan dastlabki nomzod nishonlardir. Eksperimental funksional nishonni tasdiqlash amalga oshirilmagan.

Manba havolalari mosligi izohi: PDFning muhokama bo‘limida ishlatilgan ayrim raqamlangan havolalarning bibliografik sarlavhalari tegishli atrofdagi jumlalar bilan ko‘rinadigan tarzda mos kelmaydi. Masalan, 53-raqamli yozuv cerebral palsy, 54-raqamli yozuv katta arteriyalar transpozitsiyasi jarrohligi haqida. Verianla matni ushbu ko‘rinib turgan bibliografik nomuvofiqliklarga tayangan holda yangi mexanizm da’vosini yaratmagan.