Blastocystis spp. insanlarda və çoxsaylı heyvanlarda bağırsaqda mövcud ola bilən, genetik baxımdan müxtəliflik göstərən anaerob protistdir; bu tədqiqat təbii olaraq Blastocystis-müsbət olan ishallı yaklarda nəcis bakterial icmasının və qısa zəncirli yağ turşusu profilinin Blastocystis-mənfi ishallı yaklardan fərqlənib-fərqlənmədiyini araşdıran kəşfiyyat xarakterli, kəsitsəl müşahidə tədqiqatıdır. Lhasadakı bir fermadan götürülmüş 30 ishallı yak nəcis nümunəsi yoxlanmış; ilkin molekulyar skrininqdə 11 nümunə müsbət olmuş, onların altısında sekvens təsdiqi uğurla aparılmışdır. Müqayisəli analiz altı Blastocystis-müsbət və təsadüfi seçilmiş altı Blastocystis-mənfi ishallı yak üzərində aparılmışdır. Bakterial icmalar 16S rRNA V3–V4 amplikon sekvensləməsi ilə, yeddi nəcis qısa zəncirli yağ turşusu isə GC–MS ilə tədqiq edilmişdir.

Blastocystis-müsbət qrupda sirkə, propion, yağ, valerian, kapron və izoyağ turşularının konsentrasiyaları daha aşağı olmuş; izovalerian turşusu üzrə əhəmiyyətli fərq müşahidə edilməmişdir. 16S analizində müsbət qrupda ACE, Chao1, Faith's phylogenetic diversity, müşahidə olunan ASV sayı və Shannon müxtəlifliyi tədqiqatın müəyyən etdiyi p<0,01 əhəmiyyətlilik həddinə görə daha aşağı olmuşdur. Bakterial icmanın ümumi tərkibi də qruplar arasında ayrılmışdır; ANOSIM nəticəsi R=0,9852 və p=0,003 olmuşdur.

Taksonomik səviyyədə Blastocystis-müsbət yaklarda Bacteroidota-nın nisbi bolluğu daha aşağı, Firmicutes_D-nin nisbi bolluğu isə daha yüksək olmuşdur. Karbohidrat fermentasiyası və ya qısa zəncirli yağ turşularının əmələ gəlməsi ilə əvvəllər əlaqələndirilmiş bəzi bakterial cinslər də müsbət qrupda daha az təmsil olunmuşdur. PICRUSt2 analizi qrupların təxmin edilən mikrobial funksional potensialında fərqlər göstərmişdir; lakin bu nəticələr real gen ekspressiyası, ferment aktivliyi və ya metabolik axının ölçülməsi deyildir.

Tədqiqatın əsas şərh məhdudiyyəti səbəbiyyətlə bağlıdır. Hər iki qrup ishallı heyvanlardan ibarət olduğuna, sağlam nəzarət qrupu olmadığına, nümunə sayı yalnız altı heyvan/qrup olduğuna və pəhriz, yaş, dərman istifadəsi və digər enterik infeksiyalar hərtərəfli nəzarətdə saxlanılmadığına görə Blastocystis-in mikrobiota dəyişikliklərinə, SCFA azalmasına və ya ishala səbəb olduğu nəticəsinə gəlmək olmaz.

Blastocystis spp. Müsbətliyi Bu Tədqiqatda İshalın Səbəbi Kimi Sübut Olundumu?

Xeyr. Tədqiqat yalnız ishallı yaklar daxilində Blastocystis-müsbət və Blastocystis-mənfi heyvanları müqayisə etmişdir; sağlam nəzarət qrupu və eksperimental yoluxdurma dizaynı olmadığından Blastocystis-in ishala və ya müşahidə olunan mikrobial və metabolik dəyişikliklərə səbəb olduğu göstərilə bilməz. Tapıntılar Blastocystis müsbətliyi ilə əlaqəli nümunələrdir.

Yaklarda bağırsaq mikrobiotasının əhəmiyyəti

Yaklar Qinghai–Tibet Platosunun xroniki hipobarik hipoksiya, aşağı temperatur, güclü ultrabənövşəyi şüalanma və mövsümi yem məhdudluğu kimi ekoloji şəraitinə uyğunlaşmış gövşəyən heyvanlardır. Liflə zəngin plato yemlərinin istifadəsində mədə-bağırsaq mikrobial fermentasiyası mühüm rol oynayır.

Bağırsaq mikrobiotası yalnız bakteriyalardan ibarət deyil. Arxeylər, göbələklər, viruslar və mikrobial eukariotlar da bağırsaq ekosisteminin tərkib hissələridir. Buna baxmayaraq, bu tədqiqat xüsusilə nəcisdəki bakterial icmalara yönəlmiş və 16S rRNA amplikon sekvensləməsindən istifadə etmişdir; göbələklər, viruslar və ya bakteriyaların mütləq yükü ölçülməmişdir.

Qısa zəncirli yağ turşuları nədir?

Qısa zəncirli yağ turşuları bağırsaq mikroorqanizmlərinin xüsusilə fermentasiya olunan karbohidratları emal etməsi nəticəsində yarana bilən kiçik üzvi turşulardır. Asetat, propionat və butirat bağırsaq ekosistemində ən çox tədqiq olunan SCFA-lar sırasındadır.

SCFA-lar epitel hüceyrələrinin enerji metabolizmi, lüminal pH, baryer bütövlüyü və immun tənzimlənmə ilə əlaqəlidir. Lakin nəcisdə ölçülən SCFA miqdarı yalnız bakteriyaların nə qədər SCFA istehsal etdiyini əks etdirmir. İstehsal, bağırsaq sorulması, sahib orqanizm tərəfindən istifadə, tranzit müddəti, nəcisin su tərkibi və əlçatan substrat birlikdə nəcis konsentrasiyasını müəyyən edir.

Blastocystis niyə təkbaşına “patogen” kimi şərh edilmir?

Blastocystis bir çox insan və heyvan populyasiyasında aşkar edilə bilər və sahib orqanizm–mikrobiota münasibəti tədqiqatdan tədqiqata dəyişə bilər. Bəzi insan tədqiqatlarında Blastocystis-in mövcudluğu daha yüksək bakterial müxtəlifliklə əlaqələndirilmiş, bəzi ishal hallarındasa müəyyən alt tiplər aşağı müxtəliflik və fərqli mikrobiota nümunələri ilə əlaqələndirilmişdir.

Buna görə yalnız “Blastocystis müsbət” olmaq bütün sahiblərdə eyni bioloji nəticəni ifadə etmir. Alt tip, sahib növü, klinik vəziyyət, pəhriz, fon mikrobiotası və ətraf mühit nəticələri dəyişdirə bilər.

Bu tədqiqat niyə plato yaklarına fokuslanır?

Yüksək hündürlükdə yaşayan yakların xroniki hipoksiyası, soyuq, mövsümi qidalanma məhdudluğu və yüksək lifli otlaq rejimi bağırsaq fermentasiyasını və sahib–mikrob qarşılıqlı təsirini aşağı hündürlükdə yaşayan heyvanlardan fərqləndirə bilər.

Mənbə bu ekoloji kontekstdən Blastocystis–mikrobiota əlaqəsini dəyişdirə biləcək elmi əsas kimi istifadə edir. Bununla belə, tədqiqatda oksigenlə əlaqəli sahib reaksiyaları, hündürlük qradiyenti və ya hipoksiya göstəriciləri ölçülmədiyindən “yüksək hündürlük Blastocystis təsirini artırdı” nəticəsi çıxarıla bilməz.

Tədqiqatın araşdırma sualı

Əsas sual təbii Blastocystis müsbətliyinin ishallı yaklarda aşağıdakı dörd xüsusiyyətlə əlaqəli olub-olmamasıdır:

• nəcis bakterial icmasının dəyişməsi,
• bakterial zənginlik və müxtəlifliyin azalması,
• təxmin edilən mikrobial metabolik potensialın dəyişməsi,
• nəcis SCFA konsentrasiyalarının azalması.

Sağlam nəzarət qrupunun olmaması niyə vacibdir?

Mənfi qrup sağlam heyvanlardan ibarət deyil. Bu yaklar da ishallıdır. Buna görə hər iki qrupun ortaq xüsusiyyəti ishaldır; tədqiqat Blastocystis statusunun bu pozulmuş klinik kontekstdə əlavə mikrobiota/metabolit nümunəsi ilə əlaqəli olub-olmadığını müqayisə edir.

Bu dizayn Blastocystis-mənfi ishallı yak ilə Blastocystis-müsbət ishallı yak arasındakı fərqi göstərə bilər; lakin sağlam yakın bağırsaq ekosisteminin necə göründüyünü və ya Blastocystis-in sağlam vəziyyətdən ishala keçiddə rolunu göstərə bilməz.

Digər qarışdırıcı dəyişənlər

Yaş, cins, bədən kondisiyası, ətraflı yem qəbulu, peyvənd tarixçəsi, yaxın dövrdə antimikrobial və ya antiparazitar istifadə və ishalın şiddəti fərdi səviyyədə sistemli şəkildə mövcud deyil.

Bundan əlavə, bakterial, viral, protozoal və helmint mənşəli alternativ ishal səbəbləri hərtərəfli skrininqdən keçirilməmişdir. Buna görə müşahidə olunan mikrobiota və SCFA fərqlərinin bir hissəsi Blastocystis-dən başqa klinik və ya ekoloji dəyişənlərlə əlaqəli ola bilər.

Blastocystis növ/alt tip təsdiqi

Təxminən 600 bp-lik small-subunit rRNA sahəsi PCR ilə amplifikasiya edilmişdir. İstifadə olunan primerlər Bs-RD5-F və Bs-BhRDr-R-dir. PCR məhsulları agaroz gel elektroforezi ilə yoxlanmış və uğurlu məhsullar bidirectional Sanger sekvensləməsinə göndərilmişdir.

Altı təsdiqlənmiş sekvens GenBank PP439446.1 və OR117711.1 istinadları ilə %99,84 oxşarlıq göstərmişdir. Sekvenslər PX888047–PX888052 accession nömrələri ilə GenBank-a yüklənmişdir.

Bu nəticə Blastocystis spp. identifikasiyasını dəstəkləmişdir; lakin konkret ST alt tipini etibarlı şəkildə müəyyən etməmişdir. Buna görə tədqiqatın mikrobiota nəticələri konkret Blastocystis alt tipinə aid edilə bilməz.

Zoonotik ötürülmə barədə nə demək olar?

Bu tədqiqat zoonotik ötürülməni sınaqdan keçirmir. Yaklardan, insanlardan, digər heyvanlardan və ortaq ekoloji mənbələrdən eyni vaxtda və alt tip ayırdetmə səviyyəsində sekvenslər toplanmadığı üçün insana və ya insandan yaka ötürülmə göstərilə bilməz.

Tədqiqatın Metodu və Nəticələri

Nümunə götürmə dizaynı

Nəcis nümunələrinin saxlanması

Təzə nəcis birbaşa rektumdan və ya defekasiyadan dərhal sonra steril birdəfəlik materialla götürülmüş, quru buz üzərində daşınmış və laboratoriyada −80 °C-də saxlanılmışdır.

Blastocystis PCR protokolu

Təxminən 200 mg nəcisdən Omega Fecal DNA Kit istifadə edilərək genomik DNA çıxarılmışdır. Blastocystis SSU rRNA sahəsi Bs-RD5-F və Bs-BhRDr-R primerləri ilə çoxaldılmışdır.

25 µL PCR qarışığında 12,5 µL 2× Taq PCR Master Mix, hər primerdən 1,0 µL, təxminən 100 ng template DNA və nuclease-free water istifadə edilmişdir. Termal dövrə; 95 °C-də 5 dəqiqə ilkin denaturasiya, 35 dövr ərzində 95 °C-də 15 saniyə, 59 °C-də 15 saniyə və 72 °C-də 45 saniyə, sonra 72 °C-də 10 dəqiqə final extension formasında aparılmışdır.

16S rRNA amplikon sekvensləməsi

Bakterial analiz üçün 16S rRNA geninin V3–V4 hiperdəyişkən sahəsi 338F və 806R primerləri ilə çoxaldılmışdır.

Amplifikasiya 95 °C-də 3 dəqiqə ilkin denaturasiya; 30 dövr ərzində 95 °C-də 30 saniyə, 55 °C-də 30 saniyə, 72 °C-də 45 saniyə; sonda 72 °C-də 10 dəqiqə şəklində tətbiq edilmişdir.

Extraction blank və no-template PCR nəzarətlərində amplikon aşkar edilməmişdir. Kitabxanalar Illumina MiSeq üzərində 2 × 300 bp paired-end olaraq sekvenslənmişdir.

Sekvensləmə keyfiyyət nəticəsi

Bioinformatik emal xətti

Demultipleks edilmiş sekvenslər QIIME 2 v2023.9 ilə emal edilmişdir. Primer və aşağı keyfiyyətli bazların təmizlənməsindən sonra denoising, paired-end birləşdirmə, dereplication, error correction və chimera removal DADA2 ilə aparılmışdır.

DADA2 oxşarlıq əsaslı OTU klasterləri əvəzinə exact amplicon sequence variant yaratmışdır. Taksonomik təsnifatda Genome Taxonomy Database release R214 və q2-feature-classifier naïve Bayes classifier istifadə olunmuşdur; confidence threshold 0,7 olmuşdur.

Xloroplast, mitoxondri və bakteriya olmayan sekvenslər çıxarılmış; müxtəliflik analizindən əvvəl nümunələr minimum sekvensləmə dərinliyinə rarefy edilmişdir.

Alfa müxtəliflik analizi

ACE və Chao1 zənginlik təxminlərini; Faith's phylogenetic diversity filogenetik müxtəlifliyi; observed ASVs müşahidə olunan variant sayını; Pielou evenness icmanın bərabər paylanmasını; Shannon və Simpson isə zənginlik və paylanma quruluşunu müxtəlif formalarda əks etdirir.

Good's coverage baxımından qrup fərqi müəyyən edilməmişdir. Rarefaction əyrilərinin plato verməsi mövcud nümunələrdə sekvensləmə dərinliyinin müşahidə olunan bakterial müxtəlifliyi xarakterizə etmək üçün yetərli olduğuna işarə edir; bu, nümunə sayının yetərli olduğu anlamına gəlmir.

Beta müxtəliflik və qrup ayrılması

Beta müxtəliflik nümunələrin bakterial icma tərkiblərinin bir-birindən nə qədər fərqləndiyini qiymətləndirir. Bray–Curtis dissimilarity üzərində PCoA və NMDS tətbiq edilmiş, əlavə olaraq PCA və UPGMA istifadə edilmişdir.

ANOSIM-də yüksək müsbət R dəyəri tədqiq olunan 12 nümunədə qruplararası tərkib fərqlərinin qrupdaxili fərqlərdən daha güclü olduğunu göstərir. Kiçik nümunə səbəbindən nəticə xarici populyasiyalara ümumiləşdirilməməlidir.

Filum səviyyəsində tərkib

Firmicutes/Bacteroidota tipli nisbətlər təkbaşına universal “dysbiosis göstəricisi” kimi istifadə edilməməlidir. Taksonomik nisbətlər sahib növü, pəhriz, mədə-bağırsaq sahəsi, nümunə hazırlanması, sekvensləmə üsulu və xəstəlik kontekstindən təsirlənir.

Cins səviyyəsində seçilən nümunələr

Blastocystis-müsbət qrupda ən bol cinslər arasında Arthrobacter_B (%10,20), Romboutsia_B (%8,94) və Faecousia (%8,04) olmuşdur. Blastocystis-mənfi qrupda Faecousia (%16,17), Cryptobacteroides (%8,11) və Paraprevotella (%3,58) önə çıxmışdır.

LEfSe analizi müsbət qrupda Firmicutes_D, Actinobacteriota, Bacilli, Micrococcaceae, Planococcaceae, Bacillales_A, Peptostreptococcales və Arthrobacter_B; mənfi qrupda isə Bacteroidota, Bacteroidia, Bacteroidales, Oscillospiraceae_88309, Spirochaetota, Verrucomicrobiota, Faecousia və Alloprevotella kimi taksonları fərqləndirici kimi göstərmişdir.

Bu taksonlar “Blastocystis diaqnostik biomarkeri” kimi qəbul edilməməlidir. Xarici doğrulama və diaqnostik performans analizi aparılmamışdır.

Mikrobial birgə-mövcudluq şəbəkəsi

Şəbəkə analizinə yalnız nümunələrin ən az %50-sində mövcud olan və orta nisbi bolluğu %0,1-dən yüksək cinslər daxil edilmişdir. Spearman korrelyasiyasının mütləq dəyəri ən az 0,70 və Benjamini–Hochberg düzəlişli q dəyəri <0,05 olduqda əlaqə saxlanmışdır.

Məsələn Enterenecus; Phocaeicola_A_858004, Porcincola, Agathobacter_164119 və Pygmaiobacter ilə müsbət korrelyasiya göstərmişdir. Faecousia UBA644, UBA5905 və UBA6857 ilə müsbət; Neoscardovia isə QALR01, UBA1732 və UBA1259 ilə mənfi korrelyasiya göstərmişdir.

Bu şəbəkə statistik birgə-dəyişmə nümunəsini göstərir. Bir bakteriyanın digər bakteriyanı birbaşa dəstəklədiyi və ya basqıladığı nəticəsinə gəlmək olmaz.

Qısa zəncirli yağ turşularının ölçülməsi

Təxminən 200 mg həll edilmiş nəcis 1,8 mL %0,5 fosfor turşusunda homogenləşdirilmiş; 15.000×g-də 10 dəqiqə, 4 °C-də sentrifuqalanmışdır. Supernatant ethyl acetate ilə ekstraksiya edilmiş və 0,22 µm PTFE filtrindən keçirilmişdir.

Daxili standart kimi 1 mM 4-metilvalerian turşusu istifadə edilmişdir. Yeddi nöqtəli kalibrasiya seriyası hazırlanmış və qəbul üçün R² ≥0,99 şərti tətbiq edilmişdir.

GC–MS cihazı Agilent 7890B qaz xromatoqrafı ilə Agilent 5977B mass-selective detector kombinasiyasıdır. HP-FFAP kolon 30 m × 0,25 mm daxili diametr × 0,25 µm film qalınlığına malikdir.

Bir µL nümunə splitless rejimdə 250 °C inlet temperaturunda inyeksiya edilmiş, helium 1,0 mL/dəqiqə sabit axında daşıyıcı qaz kimi istifadə edilmişdir. Oven proqramı 50 °C-də 1 dəqiqə; 10 °C/dəqiqə ilə 180 °C-yə; sonra 20 °C/dəqiqə ilə 240 °C-yə yüksəlmə və 240 °C-də 5 dəqiqə gözləmə şəklindədir.

Electron ionization 70 eV-də aparılmış və selected-ion-monitoring rejimi istifadə edilmişdir.

GC–MS metodunun doğrulanması

SCFA nəticələri

Nəcisdə SCFA Azalması Mikrobial SCFA İstehsalının Azaldığını Birbaşa Sübut Edirmi?

Xeyr. Nəcis SCFA konsentrasiyası mikrobial istehsalla yanaşı bağırsaq sorulması, sahib orqanizmin istifadəsi, mədə-bağırsaq tranziti, nəcisin su tərkibi və əlçatan substratdan təsirlənir; buna görə tədqiqatda ölçülən aşağı nəcis SCFA dəyərləri azalmış mikrobial istehsalla uyğun ola bilər, lakin istehsal sürətinin birbaşa ölçümü deyildir.

SCFA ilə bakterial tərkibin birlikdə şərhi

Müsbət qrupda Bacteroidota və Alloprevotella, Faecalibacterium, Caproiciproducens, Intestinimonas, Angelakisella və Roseburia kimi karbohidrat fermentasiyası və ya SCFA istehsalı ilə əvvəllər əlaqələndirilmiş bəzi taksonların daha az təmsil olunması SCFA nəticələri ilə eyni istiqamətdə olan nümunədir.

Bununla belə, funksiya növ və hətta ştamm səviyyəsində dəyişə bilər. 16S V3–V4 amplikon məlumatı bakteriyanın həqiqətən hansı metabolitləri hansı sürətlə istehsal etdiyini ölçmür.

PICRUSt2 Nəticələri Real Metabolik Aktivliyi Ölçürmü?

Xeyr. PICRUSt2 16S rRNA taksonomik profilləri ilə istinad genom məlumatından istifadə edərək icmanın mümkün genetik və metabolik funksiya qabiliyyətini hesablayan proqnoz metodudur; real gen miqdarı, transkripsiya, protein, ferment aktivliyi, metabolik axın və ya SCFA istehsalı birbaşa ölçülməmişdir.

MetaCyc əsaslı təxminlər

Blastocystis-müsbət qrupda qlikoliz, TCA/glioksilat bypassı və metionin/homoserin metabolizması ilə əlaqəli bəzi təxmin edilən yolların daha yüksək təmsil olunduğu bildirilmişdir.

Mənfi qrupda ASPASN-PWY və hüceyrə zərfi/qlikan biosintezi ilə əlaqəli COLANSYN-PWY və NAGLIPASYN-PWY kimi yollar daha çox təxmin edilmişdir.

KEGG əsaslı təxminlər

Müsbət qrupda keton cismi sintezi/parçalanması, yağ turşusu metabolizması, budaqlanmış zəncirli amin turşusu parçalanması, ABC transporters, phosphotransferase system və tryptophan metabolism ilə əlaqəli yolların təxmin edilən təmsili daha yüksək olmuşdur.

Mənfi qrupda budaqlanmış zəncirli amin turşusu biosintezi, folate one-carbon pool, glycosaminoglycan degradation, biotin metabolism və lipopolysaccharide biosynthesis kimi yolların daha çox təmsil olunduğu təxmin edilmişdir.

Bu görünən funksiya fərqlərinin təsdiqi shotgun metagenomics, metatranscriptomics və ya metabolomics kimi birbaşa molekulyar ölçmələr tələb edir.

Statistik analiz

Statistik analizlər SPSS 27.0 ilə aparılmışdır. Hər yak müstəqil eksperimental vahid qəbul edilmiş; texniki təkrar olduqda heyvan başına bir dəyər əldə etmək üçün orta hesablanmışdır.

Normallıq Shapiro–Wilk, dispersiya homogenliyi Levene testi ilə qiymətləndirilmişdir. Normal və bərabər dispersiyalı məlumatlar independent-samples Student's t-test; normal, lakin bərabər olmayan dispersiyalı məlumatlar Welch's t-test; normal paylanmayan məlumatlar Mann–Whitney U ilə müqayisə edilmişdir.

Əsas ikitərəfli əhəmiyyətlilik həddi p<0,01-dir. Çoxsaylı taksonomik və təxmin edilən funksiya müqayisələrində Benjamini–Hochberg false-discovery-rate düzəlişi tətbiq edilmiş və q<0,01 əhəmiyyətli hesab edilmişdir. Düzəlişdən sonra əhəmiyyətliliyini saxlamayan nəticələr kəşfiyyat xarakterli qiymətləndirilmişdir.

LEfSe üçün ayrıca Kruskal–Wallis və pairwise Wilcoxon testlərində p<0,05 və LDA score ≥2,0 seçim meyarı istifadə edilmişdir.

Mənbədəki p-həddi şərhinə diqqət

Mənbənin abstract hissəsində Pielou evenness p=0,011 və Simpson p=0,037 dəyərləri müsbət qrupda daha aşağı kimi bildirilmişdir. Lakin metod bölməsində tədqiqatın əsas ikitərəfli statistik əhəmiyyətlilik həddi p<0,01 kimi müəyyən edilmişdir.

Buna görə bu iki alfa müxtəliflik göstəricisi istiqamətcə daha aşağı olsa da əsas həddə görə statistik olaraq əhəmiyyətli sayılmamalıdır. ACE, Chao1, Faith's PD, observed ASVs və Shannon isə p<0,01 şərtini ödəyir.

Tədqiqatın təklif etdiyi hipotetik bioloji yol

Müəlliflərin müzakirə etdiyi mexanizm birbaşa doğrulanmış səbəb zənciri deyil, mövcud nəticələri birləşdirən hipotezdir:

1. Blastocystis müsbətliyi müəyyən bakterial icma quruluşu ilə birlikdə müşahidə olunur.
2. SCFA əmələ gəlməsi ilə əlaqələndirilmiş bəzi taksonların nisbi təmsili azalır.
3. Nəcisdə bir neçə SCFA-nın konsentrasiyası daha aşağı ölçülür.
4. Aşağı SCFA əlçatanlığının epitel və immun homeostazına təsir edə biləcəyi fərz edilir.

Son mərhələ bu tədqiqatda birbaşa ölçülməmişdir. Intestinal permeability, tight-junction proteins, GPR43 expression, cytokines və histopathology qiymətləndirilməmişdir.

Baytarlıq baxımından şərh

Blastocystis PCR testi yaklarda ishalın geniş diaqnostik araşdırmasının bir hissəsi ola bilər. Lakin təkbaşına müsbət PCR nəticəsi ishalın səbəbini müəyyən etmir və konkret müalicə seçimini təsdiqləmir.

Klinik müayinədə pəhriz, hidratasiya, dərman tarixçəsi, ishalın şiddəti və bakterial, viral, protozoal və ya helmint mənşəli digər infeksiyalar da qiymətləndirilməlidir.

Mənbə uyğun nəcis idarəetməsi və yem/suyun fekal kontaminasiyadan qorunması kimi ümumi biotəhlükəsizlik tədbirlərinin fekal–oral məruz qalmanı azalda biləcəyini bildirir.

Probiotik, prebiotik, SCFA əlavəsi və ya bitki mənşəli formulaların Blastocystis ilə əlaqəli yak xəstəliyində effektivliyi bu tədqiqat tərəfindən təsdiqlənməmişdir; bunlar sübut olunmuş müalicə kimi təqdim edilməməlidir.

Tədqiqatın dəstəklədiyi nəticələr

Blastocystis-müsbət ishallı yakların nəcisində altı SCFA-nın konsentrasiyası Blastocystis-mənfi ishallı yaklardan daha aşağıdır.

Müsbət və mənfi ishallı yak qruplarının bakterial icma tərkibləri tədqiq olunan nümunədə aydın şəkildə ayrılmışdır.

ACE, Chao1, Faith's PD, observed ASVs və Shannon müxtəlifliyi tədqiqatın p<0,01 əsas əhəmiyyətlilik həddi daxilində müsbət qrupda daha aşağıdır.

Bacteroidota və fermentasiya/SCFA ilə əlaqələndirilmiş bəzi taksonlar müsbət qrupda daha aşağı nisbi bolluq göstərmişdir.

PICRUSt2 qrupların təxmin edilən funksional potensialında fərqlər olduğunu göstərmişdir.

Tədqiqatın dəstəkləmədiyi nəticələr

Blastocystis-in ishala səbəb olduğu göstərilməmişdir.

Blastocystis-in müşahidə olunan bakterial dəyişikliklərə birbaşa səbəb olduğu göstərilməmişdir.

Aşağı nəcis SCFA səviyyələrinin birbaşa daha aşağı mikrobial SCFA istehsal sürətini təmsil etdiyi göstərilməmişdir.

Sağlam yakların mikrobiota profili bu tədqiqatdan çıxarıla bilməz.

PICRUSt2 nəticələri real gen ekspressiyası və ya metabolik axın ölçümü deyil.

Co-occurrence şəbəkəsindəki korrelyasiyalar birbaşa mikrobial qarşılıqlı təsir deyil.

Taksonomik fərqlər diaqnostik biomarker kimi təsdiqlənməmişdir.

Müəyyən Blastocystis alt tipinə aid patogen xüsusiyyət çıxarıla bilməz.

Yak–insan zoonotik ötürülməsi göstərilməmişdir.

Probiotik, prebiotik, SCFA və ya bitki məhsullarının Blastocystis müalicəsi olduğu göstərilməmişdir.

Əsas məhdudiyyətlər

Gələcək tədqiqatlar

Nəticələrin doğrulanması üçün daha böyük, longitudinal və birdən çox fermanı əhatə edən tədqiqatlar tələb olunur. Sağlam və ishallı yakların birlikdə qiymətləndirilməsi çatışmayan istinad vəziyyətini təmin edə bilər.

Ətraflı yaş, cins, bədən kondisiyası, pəhriz, dərman tarixçəsi və klinik şiddət məlumatları toplanmalı; bakterial, viral, protozoal və helmint birgə infeksiyalar hərtərəfli skrininqdən keçirilməlidir.

Blastocystis üçün subtype-resolved analiz aparılmalı; mikrobial funksiya shotgun metagenomics, metatranscriptomics və ya metabolomics ilə birbaşa yoxlanmalıdır.

Sahib səviyyəsində bioloji mexanizmi qiymətləndirmək üçün intestinal baryer bütövlüyü, tight-junction proteinləri, SCFA reseptorları, sitokinlər, histopatologiya, həzmolunma və istehsal göstəriciləri kimi nəticələrə ehtiyac vardır.

Mənbə və Metod Qeydi

Özgün başlıq: Blastocystis spp. Positivity Is Associated with Altered Fecal Bacterial Communities and Reduced Short-Chain Fatty Acid Concentrations in Diarrheic Yaks.

Müəlliflər: Qiang Zhang; Ziye Zhu; Ziyi Xu; Muhammad Safdar; Wentong Liu; Kun Li.

Corresponding authors: Wentong Liu; Kun Li.

Qurumlar: Agriculture, Rural Affairs, Water Resources and Science & Technology Bureau of Lixian County; College of Veterinary Medicine, Nanjing Agricultural University; School of Basic Medicine, Hubei University of Arts and Science; Department of Breeding & Genetics, Cholistan University of Veterinary and Animal Sciences; Institute of Molecular Biology and Biotechnology, Foundation for Research and Technology-Hellas.

Jurnal: Veterinary Sciences.

Nəşriyyat: MDPI, Basel, Switzerland.

Nəşr məlumatı: Veterinary Sciences 2026, 13(9), 910.

DOI: 10.3390/vetsci13090910.

Məqalə tarixçəsi: Alındı 13 iyul 2026; yenidən işlənmiş 31 avqust 2026; qəbul edilmiş 1 sentyabr 2026; nəşr edilmiş 4 sentyabr 2026.

Mənbə növü: Orijinal tədqiqat məqaləsi; kəşfiyyat xarakterli, kəsitsəl və müşahidəvi heyvan tədqiqatı.

Rəy prosesi: Veterinary Sciences rəyli açıq çıxışlı jurnaldır.

Lisenziya: Creative Commons Attribution (CC BY).

Əsas nümunə: Lhasadakı bir fermadan 2025-ci ildə əldə edilmiş ishallı yak nəcis nümunələri.

Yekun müqayisə: 6 Blastocystis-müsbət və 6 Blastocystis-mənfi ishallı yak.

Sağlam nəzarət: Yoxdur.

Blastocystis identifikasiya metodu: SSU rRNA PCR + bidirectional Sanger sequencing.

Blastocystis sekvensləri: GenBank PX888047–PX888052.

Alt tip: Etibarlı şəkildə təyin edilməyib.

Bakterial profil metodu: 16S rRNA V3–V4 amplicon sequencing; Illumina MiSeq 2 × 300 bp.

Bioinformatika: QIIME 2 v2023.9; DADA2; GTDB release R214; q2-feature-classifier.

Xam sekvensləmə: 2.751.028 read.

Keyfiyyətdən sonra sekvensləmə: 2.620.949 read; %95,27 retention.

Xam 16S məlumatına çıxış: NCBI Sequence Read Archive BioProject PRJNA1414128.

Alfa müxtəliflik: ACE, Chao1, Faith's phylogenetic diversity, observed ASVs, Pielou's evenness, Shannon, Simpson və Good's coverage.

Beta müxtəliflik: Bray–Curtis; PCA; PCoA; NMDS; UPGMA; ANOSIM 999 permutations.

Diferensial takson analizi: LEfSe; LDA ≥2,0.

Co-occurrence şəbəkəsi: Cins səviyyəsi Spearman korrelyasiyası; ≥%50 nümunədə mövcudluq; orta relative abundance >%0,1; |ρ| ≥0,70; BH q<0,05.

Funksional təxmin: PICRUSt2; MetaCyc və KEGG. Birbaşa funksiya ölçümü deyil.

SCFA metodu: Gas chromatography–mass spectrometry.

GC–MS: Agilent 7890B + 5977B mass-selective detector; HP-FFAP column.

Ölçülən SCFA-lar: Acetic, propionic, butyric, isobutyric, valeric, isovaleric və caproic acids.

Statistika: SPSS v27.0; Shapiro–Wilk; Levene; Student's t-test; Welch's t-test; Mann–Whitney U; Benjamini–Hochberg FDR.

Əsas əhəmiyyətlilik həddi: İkitərəfli p<0,01; çoxsaylı takson/funksiya müqayisələrində q<0,01. LEfSe öz seçim protokolunda p<0,05 istifadə etmişdir.

Statistik hesabat qeydi: Abstract-da Pielou's evenness p=0,011 və Simpson p=0,037 ilə daha aşağı bildirilmişdir; bu iki dəyər metod bölməsində göstərilən p<0,01 əsas əhəmiyyətlilik həddinə uyğun gəlmir.

Əsas SCFA nəticəsi: Müsbət qrupda sirkə, propion, yağ, valerian, kapron və izoyağ turşusu daha aşağıdır; izovalerian turşusunda əhəmiyyətli fərq yoxdur.

ANOSIM: R=0,9852; p=0,003.

Etika komitəsi: Ethics Committee of Nanjing Agricultural University; NJAU.No20240910164; təsdiq tarixi 10 sentyabr 2024.

Məlumatlandırılmış razılıq: Tətbiq edilmir.

Maliyyələşdirmə: Key R&D and Transformation Projects of the Xizang Autonomous Region, XZ202601ZY0138; National Natural Science Foundation of China, 32102692.

Məlumatların əlçatanlığı: 16S xam məlumatları PRJNA1414128; Blastocystis SSU rRNA sekvensləri PX888047–PX888052.

Maraqlar toqquşması: Müəlliflər maraqlar toqquşması bildirməmişdir.

Müəllif töhfələri: Konseptuallaşdırma Kun Li; metodologiya, proqram təminatı, formal analiz, araşdırma və məlumat kurasiyası Qiang Zhang, Ziye Zhu və Ziyi Xu; doğrulama Kun Li və Wentong Liu; resurslar, vizuallaşdırma, rəhbərlik, layihə idarəetməsi və maliyyə əldə edilməsi Kun Li; ilkin mətn Kun Li və Wentong Liu; nəzərdən keçirmə/redaktə Kun Li və Muhammad Safdar kimi bildirilmişdir.

Əsas metodoloji məhdudiyyət: Kiçik nümunəli kəsitsəl dizayn, sağlam nəzarətin olmaması, bir ferma, natamam sahib/pəhriz metadata-sı, digər enterik patogenlərin sistematik istisna edilməməsi və Blastocystis alt tipinin müəyyənləşdirilməməsi səbəbindən səbəbiyyət qurula bilməz.

Funksional şərh məhdudiyyəti: 16S nisbi bolluq məlumatı mütləq bakteriya sayını; PICRUSt2 real gen və ya metabolik aktivliyi; nəcis SCFA konsentrasiyası isə birbaşa bağırsaq mikrobial istehsal sürətini ölçmür.

Baytarlıq tətbiqi məhdudiyyəti: Blastocystis PCR müsbətliyi ishalın səbəbini təkbaşına müəyyən etmir və spesifik müalicə üçün kifayət deyil.

Vizual istifadə qeydi: Mənbə CC BY lisenziyalıdır. Verianla üz qabığı vizualında mənbə qrafiklərinin eynilə yenidən istehsalı əvəzinə yak, Blastocystis, bakterial icma dəyişikliyi və azalmış SCFA əlaqəsini elmi baxımdan düzgün, müstəqil və sxematik formada göstərmək üstün tutulmalıdır.